王重阳死之前，曾经将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。

后来周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》借给黄夫人。黄夫人有过目不忘的记忆力，将《九阴真经》全部记下。

接着九阴真经下卷被黄药师的弟子梅超风，陈玄风偷出岛外。两人习得经书上的武功，成为名震江湖的黑风双煞。

朱聪无意中偷到梅超风上的下卷交给郭靖，周伯通欺骗郭靖练习真经上的武功，后来在南帝一灯大师的帮助下，解通梵文总纲。修为日进，可问鼎天下第一高手之位。

与此同时，西毒欧阳锋被黄蓉欺骗，逆练真经，也有所成。

郭靖所守的襄阳城被攻破，城破之前，黄蓉把《九阴真经》加上另写了《九阴》精华的速成版本，藏在倚天剑内，传之后世。根据《倚天屠龙记》的表现，倚天剑应该是黄蓉的小女儿郭襄所掌管，郭襄创造了峨眉派，所以灭绝师太出场时带着一把倚天剑。

周芷若使计偷得倚天剑和屠龙刀，刀剑互劈，分别为九阴真经、降龙十八掌和武穆遗书。在「屠狮大会」上，周芷若就凭九阴真经上的武学，打败张无忌。