这只变异的大老鼠无意间得到一本秘籍，于是开始勤学苦练成为一代宗师。接着就把自己的绝学传授给了四个龟儿子，龟儿子个个天资卓越，很快得到大老鼠的真传，接过了勇士刀。他们几个历尽千辛终于成功，赶紧找个地方庆祝庆祝。
碰巧被楼下的小美听见，她很好奇决定爬上去看看，一眼看到几只乌龟模样的人正在手舞足蹈。小美拿出手机拍起了照片，几个龟儿子见到闪光灯瞬间愣住了，这下咋办？出来玩被人发现了。小美正准备离开，突然一根绳子甩了过来，直接把她拉了上去。
好在几只乌龟心地善良，只是警告小美一番，然后把手机还给了她，转身离开。回来后被大老鼠发现，他们偷跑出去，被吊起来打，还说出让小美发现的事。大老鼠一听急了，赶快把小美抓过来。没想到的是小美竟然一眼认出了大老鼠。
原来他们几个是当年被爸爸研制的药水拿来做实验变成这样的。可是当初和爸爸一起的另一个人丧彪，他现在起了坏心思，他自己藏着解药准备在空气中发射病毒，让更多的受害者都听命于他。他还请来一位铁人非常厉害，大老鼠一听立刻安排几个龟儿子前去阻止。他们几个为了拯救世人，已经迫不及待的想要出手了。
很快他们已经来到丧彪的公司，都急着想去和那个小美所说的铁人过过招，突然被眼前的一幕惊呆了。然而对面的人也都愣住，难道我们看到的是忍者神龟？缓过神操起家伙就冲了上来，幸好电梯门关闭的及时，不然又要浪费不少时间。看样子小乌龟已经有点等不及了。
电梯门打开的一瞬间他们一下冲了出去，铁人正在准备发射病毒，还好乌龟来的及时。不过他们低估了铁人的实力，一会功夫全被撂倒。这边小美也没闲着，带着男友一起来找解药，发现丧彪正在藏解药，他们想溜进去，不料被丧彪看见。
小美让男友关键时候吸引丧彪的注意，两人来了个声东击西，小美跑过去一把按下冷气开关，然后男友一棍把丧彪砸晕。楼顶的几只乌龟被铁人打的服服帖帖，最后只能选择四个龟联手一起对敌。他们排着顺序一个一个的进攻，铁人一时没反应过来，直接被一脚踹飞，但是根本不给铁人喘息的机会。四个龟儿子轮流的进攻，最后一个起身一脚把铁人踢飞楼下，一只乌龟赶紧操作停止发射系统。
这时候铁人又爬了上来，他一个华丽的转身射出手臂上的飞刀，在三只乌龟全力阻挡铁人的时候，另一只成功停止了发射器。铁人见状直接用刀劈断发射器架子，几只乌龟只好用身体支撑起来。这边小美已经拿到解药，被铁人看准时机抢走解药并把小美一起推下楼。
几个龟儿子用猴子捞月亮的方法接住了小美，随后一只乌龟甩出长刀一下刺穿铁人胸膛，接着把小美甩过去一脚踹飞铁人，几个龟儿子成功阻止了一场灾难发生。
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