尼奥见到墨菲斯后，房间虽然没显示门牌号，但剧本有提到是1313号房间，等尼奥选择红色药丸后，墨菲斯带尼奥去到另一个房间，在96版剧本里，赛弗看到墨菲斯带着尼奥进来，立刻露出尾巴。

赛弗急忙上前劝阻墨菲斯，说我知道你相信什么，但我认为这是一个错误。

而墨菲斯回敬赛弗，我不是一直告诉过你吗，不要让恐惧控制你的生活。

这段删掉的台词，很明显能感觉到赛弗不愿意让尼奥转变身份，从后面剧情我们可以分析得出，如果尼奥脱离母体，特工抓尼奥的几率就会大大下降，赛弗就没办法拿尼奥去和特工谈条件，而万一尼奥真的是救世主把矩阵灭了，赛弗就只能待在残羹冷炙的现实世界了。

再接下来改动地方在墨菲斯向尼奥介绍什么是矩阵，以及现实世界的真相，墨菲斯在展示矩阵虚拟的1999年城市时，提到这是1999年的芝加哥，也就是尼奥生活工作的城市，不过在影片中隐去了芝加哥，这样会显得格局更大，不然观众会以为矩阵只是模拟了一个芝加哥，就像GTA只做了一个洛杉矶。

之后该场景还更为详细介绍了机械章鱼，在人机大战时，如何撕碎人类的防线，不过这些描写被隐去，之后放在了动画中，变成介绍黑客帝国之前的故事背景里。

再接下就是墨菲斯带尼奥训练一波后，崔妮蒂独自给尼奥送晚餐，在电影中崔妮蒂送完就走。

不过在96剧本中，有描写崔妮蒂放下晚餐后，又凑过去贴近尼奥的脸，然后吸了一口气感受尼奥的气息...emmm，如果放在电影中，崔妮蒂就太少女了，显得不够酷。

接下来是尼奥和赛弗的删减对话戏，这段戏在98拍摄剧本里也保留下来，这段话可以直接暗示第二部的内容，不过最后并没有出现在电影中，既然拍摄剧本都保留了，我都怀疑这段话有拍出来，但后来没有用，因为从影片剪辑来看，赛弗最后那句话，保留了最后的“一个小建议，见到特工你就跑”。

好让我们来看看这场重要删减戏，尼奥悄无声息靠近赛弗，赛弗吓了一跳，估计这时他正在和史密斯报信，做贼心虚，看他那小眼神还在看除了尼奥还有谁，但看到尼奥就放心了反正这瓜看不懂。

影片中两人唠嗑一番后，剧本删减片段中，赛弗向尼奥说出一个小秘密，但要求尼奥不要跟墨菲斯告密，赛弗指出尼奥并不是墨菲斯第一次找的救世主THE ONE。

尼奥感到很吃惊，问还有多少人被墨菲斯认定为THE ONE？

赛弗说，啊，从我来到这，就有5位。

尼奥接着问，他们都发生了什么。

赛弗说，死了，都死了。

尼奥问怎么死的。