1、来源不同：纯净水来源于各种天然水，通过各种物理化学方法等多种操作技术对其中杂质的过滤，从而达到纯净的效果，是一种人工水。而天然矿泉水是来源于从地下深处自然涌出的或者是经人工采集的、未受污染的地下矿水，是一种天然水。

2、矿物质含量不同：纯净水由于多种提纯、过滤技术的操作，去除各种不利于人体健康的杂质和有害物质，同时，原本水中所含有的微量元素和矿物质也都流失掉了。而天然矿泉水富含对人体有益的各种微量元素和矿物质，有效补充人体所缺营养物质，有利于身体健康。

3、饮用方法不同：纯净水一般以桶装水的形式出现，可直接饮用，或者是加热饮用。而天然矿泉水因含有各种微量元素，若加热煮沸后其营养物质会有所流失，微量元素也会失去其原本有利于人体的功效，因此说天然矿泉水直接饮用较好。