神龙教覆灭的原因可以追溯到其内部的一系列矛盾和问题。首先，神龙教的组织结构复杂，权力分配不均，导致内部出现了很多权力争斗和分裂。其次，神龙教的教义和信仰存在很多争议和分歧，这使得教派内部的信仰观念混乱，最终导致了信仰危机。此外，神龙教还面临着外部势力的打压和围攻，这使得神龙教的生存空间受到了极大的威胁。
在以上背景下，神龙教的覆灭成为了一种必然。教派内部的权力争斗和信仰危机使得神龙教无法形成有效的抵抗力量，而外部势力的打压则使得神龙教的生存变得异常艰难。最终，神龙教被彻底摧毁，其信仰和文化也随着时间的推移逐渐消失。

在鹿鼎记中是康熙命韦小宝带兵用红衣大炮轰灭的，虽然教中重要人物教主，教主夫人和教中什么使都没死，但岛上建筑已毁，教众死伤殆尽，总体上可以说是覆灭了。