what should you do，是疑问句。译为:你应该做些什么？

这种特殊疑问句基本结构是: 特殊疑问词what+一般疑问句的句式结构。也就是要把情态助动词should 提到前面去。

后面的What you should do是名词性的从句，是要在一个复合句中间充当(主语、宾语或者表语)成分的。其基本结构是: 特殊疑问词what + 陈述句的语序(主谓+谓语)，如:

You'd better know what you should do. 你最好知道你该干些什么。