1、地理位置不同，厦门站位于思明区在岛内市中心，厦门北站位于集美区在岛外位置稍偏。

2、火车始发、终到数量不同，厦门站由于在岛内市中心位置，所以其站房规模略小于厦门北站，而且是终点站，所以厦门站火车的接发量远远小于厦门北站，在厦门办理客运的火车大部分都经停厦门北站。

3、接发的火车种类不同，从今天起也就是2019年7月10日开始，厦门站的所有普速列车全部搬迁至厦门北站，厦门北站的部分高铁动车改为厦门站始发终到。

4、厦门站为动车高铁站，厦门北站办理高铁、动车、普速列车的客运业务。