主要是因一位皇帝而起----明成祖朱棣。

1402年，朱棣通过“靖难之役”而夺取皇位，据记载----“都城陷，宫中火起”，当时就已经烧毁了奉天殿等宫殿，而这场战乱中建文帝却下落不明。

明成祖在南京即位不久后，1420年，北京故宫基本竣工。

明成祖就下令以北平（也就是现在的北京）为行在，准备迁都，将南京故宫作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。

此后南京故宫就逐渐开始荒废，才短短几年的时间，南京的宫殿建筑就出现不同程度的损害。

到了永乐二十二年，明成祖病逝后，继位的明仁宗朱高炽正打算将都城迁回南京，并派人修葺南京故宫。

但遗憾的是，仅仅在位一年，明仁宗就病逝了，继位的明宣宗朱瞻基却放弃迁都，继续居住在北京故宫，而南京宫殿修缮工程也被搁置了。

随后，到了明朝正统十四年（1449年），明故宫的谨身、华盖等殿遭受雷电击中而起火。

又过了许久，明朝成化二十一年（1485年）五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”，明朝嘉靖元年（1522年），“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。