无论是肉眼或显微镜观察，琥珀内部的包裹体较为常见，按种类划分有动物包体、植物包体、气液包体、漩涡纹、杂质等。这些都是天然琥珀的内部特征和神奇之处，同时也是与人工琥珀不同的地方。

植物

植物包体

在琥珀中保存有伞形松、种子、果实、树叶、草茎、树皮、水杉等。

动物

动物包体

在琥珀中保存有甲虫、苍蝇、蜻蜓、蚂蜂、蚂蚁等数百种动物，但局部所见是为数不多的，并且动物个体完整者少见，多为从险恶的处境中挣脱出来时，那些仍留下残肢断腿的碎片。

气液

气、液包体

有些琥珀中可见圆形、椭圆形气泡，这些气泡中还有气、液的两相包体。有的局部集中，也有的呈分散状。

杂质

杂质

多为充填在裂隙空洞中的杂质。比如黑色杂质可能是碳质，褐色杂质可能是铁、锰质浸染的泥土、砂砾、碎屑在琥珀风化剥蚀过程中或树脂流动过程中被包裹进去的。

旋涡

旋涡纹

多分布于昆虫包体周围，可能为昆虫挣扎时形成的，也有是在琥珀形成过程中，有外来颗粒掉入其中而形成的。

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