第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。

第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。

第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。

第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。

第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）

第6集，铃木园子首次登场。

第7集，小兰首次怀疑柯南身份。

第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。

第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话

第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。

第14集，广田雅美首次登场。

第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。

第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。

第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。

第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。

第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。

第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。

第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。

第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。

第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。

第118集，帝丹小学小林老师首次登场。

剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。

第124—125集，组织的*手沼渊己一郎犯案。

第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗*。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。

第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）

第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。

第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。

第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。

第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。

第181—182集，新出智明登场。

第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店

第203—208集，生死篇；柯南因保护少年侦探团而负伤，小兰第三次怀疑柯南身份；紧接着，柯南再次恢复身体，扮演黑衣骑士解决案件，和小兰在饭店约会时药效到期。

剧场版5，天国篇；琴酒枪*电脑工程师原佳明，炸掉西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。柯南用夏威夷学的车技拯救侦探团。

第233—234集，目暮警官的秘密。

第235—238集，黄昏篇；黑羽快斗第二次登场，怪盗基德VS工藤新一；黄昏之馆内家具都有乌鸦的标记，主人是半个世纪前去世的富豪乌丸莲耶。

第241—243集，人鱼篇；组织在自称长生不老的人鱼岛留下的痕迹；疑似与雪莉、琴酒、伏特加、波本有关。

第245—246集，朱蒂老师首次登场。

第249集，贝尔摩德调戏琴酒，易容成新出医生坐公交试探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登场，和朱蒂一起追查贝尔摩德。

第250集，公交车抢劫案解决，柯南救下灰原哀，引起贝尔摩德注意。

第261集，柯南得知琴酒是个左撇子。

第265—266集，灰原哀的高冷个性开始转变。

第272—273集，小兰与赤井秀一偶遇。

第277集，詹姆斯登场，并被歹徒绑架。

第278集，侦探团解决案件，赤井秀一接走詹姆斯。

第291—292集，高木警官告诉柯南关于小五郎资料被盗的事；赤井秀一开始监视毛利侦探所。

第293—294集，小兰开始回忆赤井秀一；贝尔摩德注意灰原哀。

第299集，贝尔摩德的身份暴露，柯南查出来克莉丝•温雅德是组织成员。

第300集，服部平次VS朱蒂老师。