历史上巴基斯坦境内的穆斯林部族在历史上从未形成过统一的政治实体。人为把这些原本分散的部族硬生生捏在一起之后依然是各种勾心斗角。巴基斯坦从建国之日起就埋下了地方豪强家族干政的隐患。长期以来巴基斯坦的政局始终受到旁遮普省的谢里夫家族和信德省的布托家族这两大政治家族的影响。谢里夫家族把持国家政权时自然会优先发展作为自家基本盘的旁遮普，而布托家族把持国家政权时也会优先发展作为自家基本盘的信德省。

当初英国主导下的印巴分治为日后的印巴关系埋下了克什米尔问题等隐患。在这种状态下巴基斯坦不得不耗费大量精力用于防备印度，所以国内经济建设就不可避免会因此受到影响。巴基斯坦中央政府对内受制于地方势力，对外需要应对来自印度的压力。巴基斯坦要保证自身安全就必须集中资源优先进行军事建设。由于资源都集中优先用于军事建设了，所以巴基斯坦人民的生活水平就迟迟得不到改善。

久而久之人民就会积压对政府的不满情绪。国家资源该更多应当更多向军事建设倾斜还是向经济民生倾斜的矛盾造成了民选的文官政府和军政府在巴基斯坦交替执政的现象。巴基斯坦独立后的45年间就先后经历3次军事政变、4次军法统治历时25年之久。巴基斯坦国内错综复杂的民族、宗教、历史、现实关系更是导致动荡时有发生。在俾路支省等部分地区一直存在着民族分离主义势力的活动。

巴基斯坦境内的极端组织还常与境外势力勾结制造动乱。巴基斯坦与阿富汗交界的边境地区就是恐怖分子盘踞的天然温床。盘踞在巴基斯坦和阿富汗边境的恐怖极端主义势力对巴基斯坦的安全形势构成了一定的威胁。这也引起了外国资本对在巴基斯坦投资的担忧。这就形成了一种恶性循环：外资对巴基斯坦望而却步就导致巴基斯坦缺乏资金用于基础设施建设，而基础设施的相对不足又反过来使外商更加不愿在巴基斯坦投资。