于是长期以来，人们认为鳄鱼之所以会流眼泪，是因为它们需要排除体内多余的盐分。和人类不同，鳄鱼体表没有汗腺，它们的肾功能排泄功能也不完善，因此人们认为鳄鱼和海龟、海蜥等海爬一样，是通过眼眶附近的盐腺讲海水中的盐分去掉，从而得到淡水，当然，这只是猜测。

直到1970年才有生物学家监测鳄鱼眼泪的成分，发现海湾鳄在海水中生活了一段时间后眼泪的含盐量确实有所增加，这也间接证明了鳄鱼和海龟一样眼眶里有盐腺。于是这一说法被写入动物学专著中，在教科书、科普读物、知识竞赛、百科中广为流传，这难道就是事实的真相了吗？

在当时的实验中有人发现鳄鱼眼泪的含盐量实际上是比海龟等海爬低的，因此有少数科学家并不认可鳄鱼眼眶有盐腺的说法。

1981年，澳大利亚悉尼大学的的塔普林（Laurence E. Taplin）和格里格（Gordon C. Grigg）发现鳄鱼舌头表面会分泌出一种清澈的液体，他们怀疑这才是鳄鱼盐腺的分泌物，但是这种液体分泌的速度太慢，难以收集。于是他们给鳄鱼注射盐水刺激盐腺分泌，但是失败了。最后他们采用氯醋甲胆碱注射到鳄鱼体内，以前的实验已表明，给其他海洋爬行动物注射氯醋甲胆碱能刺激盐腺的分泌，果然鳄鱼的舌头开始不停地分泌这种液体。

最后它们收集发现这种分泌也的盐分浓度要比血盐高出3-6倍，同时他们收集鳄鱼的眼里进行对比，发现眼泪的盐分虽然也升高了，但是只有血盐的2倍左右，随后他们对鳄鱼的舌头进行解剖，在舌头的黏膜上发现了盐腺，其构造和海蛇舌头下的盐腺很像，此后其他研究也都证实了这个发现。所以鳄鱼其实是靠舌头来排除多余的盐分的。

既然不是用来排出盐分，那鳄鱼流眼泪是干嘛用的呢？实际上鳄鱼流泪通常是在陆地上呆了很长一段时间后才开始分泌眼泪，眼泪从鳄鱼的瞬膜分泌出。鳄鱼和蛇很相似，有三套眼睑，最里面一层的瞬膜除了保持眼睛的湿润和清洁外，也能像潜水镜一样用于水下作业，用于保护眼睛。

此外，佛罗里达大学的动物学家肯特·弗列特（Kent Vliet）2007年在鳄鱼饲养场观察、拍摄了四头凯门鳄、三头短吻鳄，他发现鳄鱼在进食的时候的确会边吃边流泪，有的甚至眼睛还会冒泡沫。鳄鱼吃的是加工食品，当然不会为这些食物而哭泣，弗列特推测，这是因为鳄鱼进食时伴随着吹气，压迫鼻窦中的空气和眼泪混合在一起流出来。