万历三十二年（1604），被明神宗免职后赋闲在家的大臣顾宪成等人修复了本地一个宋代的书院，取名东林书院。随后，顾宪成与另外两位被贬的大学士高攀龙、钱一本等开课讲学。因为这几位大学士都名声在外，来听课的人很多。讲课内容大体都是评议朝政、官吏等，同时传播自己的政治主张。

在讲学的过程中，他们倡导皇帝要广开言路，为官要廉洁奉公，同时大力抨击当时权贵富豪贪赃枉法胡作非为的行为。这样的主张得到了老百姓的广泛认可；他们倡导的“读书、讲学、爱国”的精神，被当时社会上的有识之士广为传播，一时声名大振，东林书院渐渐成为江南地区知识分子们议论国事的主要代表场所。家喻户晓的对联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”便是顾宪成在东林书院所写，激励了当时乃至后世的无数知识分子，对我国传统文化及思想发展促进作用极大。在历史上，有“天下言书院者，首东林”之赞誉。

随着东林书院的影响力越来越大，海内一些有名的士大夫等都仰慕应和，以能到东林书院听课为荣。文人志士纷至沓来，“学舍至不能容”。除此之外，许多因直言上书被贬的官员也都慕名而来，渐渐形成一个团体，每月都有固定的集会和讲课交流活动。朝廷之上的官员们，也有许多与东林书院政治主张相近且相同的，经常与东林书院遥相呼应。由于他们的主张与当时把持朝政的宦官团体相冲突，因此被宦官们称为“东林党”，彼此常有冲突。

东林党与宦官的争斗其实由来已久，其中就包括神宗皇帝立太子之争，即以东林党为主的官员们和以魏忠贤为首的宦官集团之间的冲突。由于当时魏忠贤权倾朝野，在神宗皇帝立太子一事上站在郑贵妃一边，试图说服皇帝改立三子朱常洵为太子，遭到了东林党官员的猛烈反对，在当时称为“国本之争”，最终以东林党官员的胜利告终。

神宗皇帝当初贬了顾宪成，是想给朝堂上老与自己作对的官员们敲个警钟，然而万万没想到，顾宪成等人的东林书院影响力越来越大，反倒是更多的朝堂大臣站在了顾宪成一边，整日里上书说东说西，把神宗皇帝搞得不胜其烦；而当时以阿谀奉承为主的宦官集团，更是视东林党为眼中钉，想尽办法构陷打击。

在神宗时期，东林党与宦官集团之间就爆发过许多次党争，比如“国本之争”，以及后来的“移宫之争”，大体上都以东林党的胜利告终。到了天启年间，由于明熹宗不理朝政，魏忠贤权倾一时，宦官集团占了上风，大肆迫害东林党。天启五年（1625），东林党杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人死于狱中，时称为东林党六君子。天启六年（1626），东林党高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊素七人又死于魏忠贤迫害，称为东林党后七君子。

纵观神宗万历、熹宗天启和思宗崇祯三朝，这样的党争长达50多年。朝廷长年处于风雨飘摇之中，是导致大明灭亡的原因之一。