之后，蒋介石派邵毓麟约见冈村宁次，承诺“准其以其劳绩赎罪，免以战犯惩处”。什么叫“劳绩赎罪”？简单来说就是将功赎罪。前面我们说到，蒋介石希望全部接受投降日军的武器。冈村宁次很清楚只要自己下令所有的投降日军武器及底盘都交到蒋介石手里，抗拒八路军和新四军的接受，便是天大的“劳绩”。于是，冈村宁次连声允诺:不负蒋委员长期望。
参加投降仪式之时，冈村宁次已经与蒋介石秘密达成了协定，知道自己不会受到惩罚，自然不会有丝毫惶恐与慌乱。之后，冈村宁次受到了格外优待，不仅没被关进监狱，而且连设在 南京的侵华派遣军司令部的武装都没解除，房上架有高射炮、机枪等重武器。
当时，国内国际要求审判冈村宁次的呼声都极为强烈。但蒋介石却迟迟不肯把冈村宁次送去接受审判，反而任命冈村宁次为“中国战区日本官兵善后联络部长官”。这既可以让冈村宁次逃脱审判，使他在遣送日军、日侨的工作中“立功”，并且还能通过他维系与日本之间的关系，可谓是一举多得。
冈村宁次递交投降书给何应钦
1946年1月19日，驻日盟军统帅麦克阿瑟在东京设立了“远东国际军事法庭”，准备审判日本战犯。驻日盟军总部要求将冈村宁次遣送日本受审，蒋介石则召集何应钦和陈诚等人商讨对策。何应钦和陈诚等人找到了很多理由为冈村宁次开脱，使其留在中国，免受审判。
之后，行政院又公开了这样一个决定:冈村宁次大将不得归国，但不得拘留，仍以联络班长名义，配属参谋若干人，于当地生活。理由是冈村宁次自日本投降以来，在维持南京治安、协助接收以及受降工作上，成绩显著，目前仍需要他协助工作。
这个消息一经传出，无数中华儿女感到极为气愤。事实上，早在日本投降不久后，便有极多呼声要求尽快处决冈村宁次。《新华日报》曾以《控诉冈村宁次，他是屠*我同胞的大刽子手，应该严厉惩办 》为标题，刊登了一封因遭受日本侵略而家破人亡的读者来信，激起了民众的极大愤慨，矛头直指冈村宁次。
日本投降已经将近一年了，但冈村宁次这位罪魁祸首不仅没有受到应有的惩罚，反而得到了蒋介石的庇护，反而在中国过着逍遥自在的生活，这怎能不让人感到气愤？此种不顾民意的做法，怎能不失人心？
尴尬的是，与此同时蒋介石又不忘大力宣扬自己的抗日功绩。国军肩负着正面战场抗击侵华日军的重任，为抗日战争的最终胜利做出了不可磨灭的贡献，这是谁也无法否认的事实。但是，蒋介石庇护冈村宁次的行为，却使其民心尽失。直到此时，蒋介石仍想着利用冈村宁次对付解放军并改善与日关系，始终未能意识到民心其实是最重要的。
冈村宁次
直到1948年下半年，东京审判进入到了最后阶段，国内要求将冈村宁次送去审判的呼声强烈到了极点，蒋介石这才让冈村宁次在国内接受审判。国防部军事法庭以“在任职期间内，有纵容部属屠*平民等罪嫌”对冈村宁次发起公诉，设立了能容纳更多人旁听的临时法庭，以此表示公正透明。
民众得知消息后极为振奋，强烈要求严惩冈村宁次。当时有报纸发表了这样的评论：冈村宁次率领百万大军蹂躏大半个中国，是一笔算不清的血债。如果这样的元凶战犯，也逃出死刑，那就也太没有法律了。八年的抗战，也打得太冤枉了！
但是，审判的过程却令人极度失望、愤怒。冈村宁次在华北乃至整个中国犯下了累累罪行，然而起诉书中竟只字不提，只提他的几个下属在南方犯下的少量罪行。而冈村宁次更是毫无忏悔之心，竟然在法庭中公然说道：
过去的日本对外政策，其侵略的污点，确实必须反省。但其解放东亚之大目标，从人道及人类进步的角度看，我认为还是光明正大的。我想，部下犯罪纵属事实，也是下层发生的零星的不法行为，与军司令官、方面军司令官、总司令官无关，不属于共同责任犯罪问题。虽然如此，我仍应承担道义上的责任。
听众们见冈村宁次把一切责任推得干干净净，愤怒地要求追查冈村宁次的战争罪行。然而，庭长只是频频击动法锤要求听众保持肃静。而蒋介石为冈村宁次请来的辩护律师，更是公然为其歌功颂德，列举了冈村宁次在侵华时期供给农民棉布、打击奸商等“善行”。听众们无不气得怒目圆睁，许多人恨不得冲上去将冈村宁次撕碎。
审判结束之后，并未按照惯例当庭宣判，之后又一再拖延宣判时间。到了1949年1月26日，上海军事法庭对冈村宁次进行最后一次公审。开庭之前，法官们已经被告知一定要给出“冈村宁次无罪”的结果。冈村宁次在法庭中一言不发，概由律师陈述，最后才说了句“对因病推迟审判造成工作困难，表示感谢”。当天下午四点，当庭给出了判决：
公诉人：本庭检察官
被告：冈村宁次，男，66岁，日本东京人，前日本驻华派遣军总司令，陆军大将
指定辩护人：江一平律师，杨鹏律师，钱龙生律师
对上述被告因战犯案由本庭检察员起诉，本庭判决如下：冈村宁次无罪
理由：构成战争犯罪的条件是在作战期间犯有恣意屠*、抢劫……本案被告在任期期间，驻湖南、江西、浙江等地之日军曾发生零星罪行，已由该驻军直接上级承担罪责，本庭已分别 判罪，现在服刑中。以上零星罪行无以证明与被告有联系，因而不应负共犯罪责。综合以上各项，依法应判为无罪。
