后来明朝被灭，清朝登上历史舞台，清朝历届皇帝也对琉球国非常重视，在十七世纪、十八世纪，琉球国作为中国的附属国是被世界所承认的，他们使用中国年号，与很多欧洲国家、美洲国家签订通商条约。
琉球与中国一直保持友好往来，除了朝贡与通商，还有大批学者前往中国学习，如今前往冲绳，还能看见一些与中国有关的诗作、书画等。
在琉球国与中国互通有余之际，日本也没有停止前进的步伐，明治维新后，日本各方面的实力有了大幅度的上升，并开始走上军国主义扩张之路，对周边小国更是虎视眈眈，他将第一个矛头就指向了琉球国。
十九世纪七十年代，日本开始试探性地"欺负"琉球，发现这个国家毫无抵抗之力，便开始了蚕食鲸吞，日本想要吞并琉球的野心已经是丝毫不加掩饰了，琉球国王为了保住自己的国家，为了保存自己在琉球群岛中的权力，他紧急派使者前往清政府求救。
但一方面那时的清政府自顾不暇，经济军事实力都不如日本，另一方面清政府与琉球国的距离太远，在当时的坏境下，各种物资力量难以及时抵达，就这样，琉球国很快被日本吞并，末代琉球国王以及他的家人也被押送至东京，此后一直被软禁，最终国王死在东京。
从此之后，琉球王国不复存在，后来经过历史的不断变迁，也就成为了日本现在的冲绳县。
琉球虽小，但毕竟也是一个国家，当年他们向中国求救，虽然清政府没有派兵，但是当时杰出外交家李鸿章曾请美国前总统格兰特调节。
迫于舆论压力，日本同意和清政府分治琉球，但划分治理范围非常不公平，不过清政府也不得不接受了，本想着日后再商讨，未想到清政府国力一再衰弱，此后根本没有与日本谈判的筹码。
其实，灭国后，琉球王室的后代就没有放弃过复国，在1896年，王室后代曾亲自前往大清，恳求清政府能出兵帮助他们完成复国大业。
可那时日本刚向清政府发动甲午战争，清政府又是割地又是赔款，根本没有精力与日本再战，况且更不愿意为了琉球这个小国与日本闹僵，这一次，琉球王室后代们都知道复国是没有任何希望了。
时间是修复伤痕的良药，随着岁月的变迁，当年琉球国王室的后代们都已经融入到整个日本社会当中，不过很多人都没有忘记曾经灭国的耻辱，有很多老人对日本还有一些怨恨，对日本人还有排斥感。
