从此，萨迦派成为了蒙古在西藏的代理人。窝端派遣使者到达乌斯藏地区“调查各地官员姓名、部众数字、贡物之量”。1251年，蒙古继位，命令和里解继续深入吐蕃地区，最终使得阿里地区的拉堆王归顺了蒙古。蒙哥汗又派遣人到吐蕃清查户口、划定地界、确立税收。蒙古根据乌思藏地区的割据情况，划分为了十三个万户。元朝建立后，忽必烈设置总制院（后来改为宣政院）来直辖乌思藏，宣政院的领袖名义上是萨迦派首领帝师统领，实权掌握在院使手中。宣政院下又设立朵甘思（西康）、 朵思麻（在青海，又称为吐蕃宜慰司）和乌思藏三个宣慰司。

忽必烈和八思巴

元朝在乌思藏地区统治萨迦派作为一个重要的中介，在元朝的扶持下，萨迦政权开始建立起来，成为了乌思藏地区的名义领袖。1322年萨迦款氏家族发生了分裂，而朗氏家族的帕竹万户开始兴起。帕竹不断兼并前藏地区，最终到1357年取代了萨迦政权的统治，建立了帕竹政权。帕竹政权对乌思藏地区的控制已经远远不如萨迦政权时期，在元朝末期，阿里地区的普兰、古格和达拉克已经脱了乌思藏地区和元朝的控制，走上了独立的道路。

古格王国遗址

元朝灭亡后，吐蕃地区蒙古势力也逐渐退出了。此后吐蕃地区再次陷入了四分五裂的局面。在乌思藏，原本被元朝扶持的萨迦政权还有一定的威望，但是也开始逐渐走向了衰落。朱元璋建立明朝后，不断派遣使者到乌思藏地区招抚。此后朱元璋对吐蕃地区进行了一些册封，册封的形式有两种，一是册封吐蕃地区的高僧为法王、国师等，形成了僧官；二是册封地方政权，承认其统治。僧官方面，朱元璋册封八思巴的继承法王帝师喃加巴瘢卜为“炽盛佛宝国师”，承认元朝对帕木竹巴僧章阳沙加监藏“灌顶国师”的册封。永乐时期，又封授了大宝法王、大乘法王、大慈法王、阐化王、辅教王、赞善王、护教王和闻教王，共八个高级法王。

明朝时期的青藏高原

在政权组织方面，朱元璋在西藏册封了乌思藏都司、朵甘都司、俄力思军民元帅府、河州卫等。但是明朝对吐蕃地区的地方政权存在几乎不了解，因此册封高僧为这些机构的指挥同知、金事、宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等官。这就形成了所谓的“僧官”。青海方面，明朝称为“西番”，明朝初期，元朝册封在青海的吐蕃宣慰使何锁南普等归顺明朝， 于是在青海东部设置河州、 洮州、 西宁、岷州四卫，其长官均册封给当地的藏族和蒙古族担任。明朝在乌思藏册封僧官导致的结果就是使得吐蕃地区世俗政权，如古格、帕竹、达拉克就明朝几乎没有政治交流，明朝对乌思藏的册封就成为了空中楼阁。明朝从未派遣一兵一卒、一官一职驻扎乌思藏，使得明朝对吐蕃的控制基本没有。明朝对西番诸卫具有一定的控制力，但是依然另外十分薄弱，甚至会出现西番贵族截*明朝使者的现象。