相比之下，《蜘蛛侠：英雄归来》带来的变化要大得多。起源故事被完全省略了，托尼·斯塔克取代了本叔叔，而彼得·帕克的高中伙伴则成为了更大的焦点，爱情故事也直到续集《蜘蛛侠：英雄远征》才全面展开。这是《超凡蜘蛛侠》系列为了与众不同所需要的档位，不仅仅是让梅姨少活几年。

公平地说，《超凡蜘蛛侠》系列确实对我们所熟悉的模式进行了一次重大调整，但它并没有按计划进行。《超凡蜘蛛侠》系列表达了这样一种观点：彼得·帕克的父母深深卷入了一场科学阴谋，这场阴谋在彼得·帕克成年后的生活和他的超级英雄生涯中回响。从理论上讲，这是对蜘蛛侠故事的一个补充，也可能以一种独特的方式为整部电影增添趣味。但神奇的是，《超凡蜘蛛侠》系列从来没有想过如何将这个新“构件”与已经存在的旧“部件”整合在一起。

在前半部分花了大量时间来设置帕克家族之谜之后，《超凡蜘蛛侠》迅速放弃了这一探索，转向了正在出现的蜥蜴教授。无论故事情节如何离奇，《超凡蜘蛛侠》系列始终没有揭示彼得·帕克父母失踪的真相。而《超凡蜘蛛侠2》的最终解决方案也过于复杂，试图将小绿魔、电光人、彼得·帕克的超能力和整个世界的安全联系起来。

《超凡蜘蛛侠》系列也对蜘蛛侠的起源进行了调整，但这让彼得·帕克成为蜘蛛侠的动机让人觉得与角色不符，本叔叔的死是完全可以避免的，而且只有彼得·帕克能从蜘蛛咬伤中获得超能力，这一调整消除了原著中定义蜘蛛侠“普通人”的特质。漫威电影宇宙和彼得·帕克之间赤裸裸的联系也是如此，而在这两种情况下，蜘蛛侠的形象都被弱化了。