小檗碱抗菌谱广，体外对多种革兰阳性及革兰阴性菌具有抑菌作用，对志贺菌属的抗菌作用最强，对溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、脑膜炎奈瑟球菌、伤寒杆菌、白喉棒状杆菌等有较强的抑菌作用，低浓度时抑菌、高浓度时*菌。对流感病毒、阿米巴原虫、钩端螺旋体、幽门螺旋杆菌 (Hp)、某些皮肤真菌也有一定的抑制作用。志贺菌属、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等极易对小檗碱产生耐药性。

在临床上，小檗碱主要用于治疗敏感病原菌所致的胃肠炎、细菌性痢疾等胃肠道感染，还可用于治疗眼结膜炎、化脓性中耳炎等。

在安全性方面，口服小檗碱不良反应较少，偶有恶心、呕吐、皮疹和药物热，但停药后可消失。

服用小檗碱需要注意：

1. 分散片可直接吞服（或口服），或放入适量温开水中搅拌均匀后口服。
2. 与含鞣质的中药合用（如五倍子、地榆、诃子、石榴皮、大黄等），由于鞣质是生物碱沉淀剂，可与小檗碱结合生成难溶性鞣酸盐沉淀，从而降低疗效。

以下人群不宜服用小檗碱：

1. 溶血性贫血患者禁用。
2. 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏的儿童禁用(因可引起溶血性贫血而致黄疸)。
3. 孕妇、哺乳妇女慎用。