地形地貌
克孜勒苏柯尔克孜自治州地处帕米尔高原上。帕米尔高原寒武纪时期隆起，华里西时期断裂，并发生剧烈升降，形成凹陷和褶皱。地质结构复杂，主要为新生界第四系地层。自治州境内多山，山地占全州总面积的90%以上。地势由东南向西北呈梯状上升，东南部为塔里木盆地边缘绿洲和喀什噶尔平原，最低处海拔1197米，北部、西北部为天山南脉和帕米尔高原，最高处海拔7719米，相对高差6522米。山地以克孜勒苏河为界，从乌恰县的北部、阿图什市北部直至阿合奇县全境，为天山南麓；克孜勒苏河以南，从乌恰县西南部直到阿克陶县西部为帕米尔高原和昆仑山山区。
克孜勒苏柯尔克孜自治州以克孜勒苏河为界，克孜勒苏河以北从乌恰北部、阿图什市的北部直到阿合奇县全境，为天山南麓；克孜勒苏河以南，由北向南包括乌恰县西南部和阿克陶县西南部绝大部分山区，为帕米尔高原和西昆仑山区。境内的“冰山之父”慕士塔格峰海拔7546米，公格尔峰海拔7719米，为自治州最高点。自治州境内海拔5000米以上的高山有16座，山顶终年积雪，最厚处达100多米。山间遍布冰川，主要冰川有20多片，总面积达1 960.8平方千米。
慕士塔格峰
公格尔峰
克孜勒苏柯尔克孜自治州主要平原有阿图什市的恰克玛克～博古孜河中下游冲积平原、阿克陶县的帕米尔山前冲积扇平原、盖孜河～库山河三角洲平原。主要盆地有阿图什市的哈拉峻、吐古买提盆地和乌恰县的黑孜苇盆地。主要谷地有阿合奇县的托什干谷地、阿图什市的上阿图什谷地、阿克陶县的苏巴什谷地和木吉谷地等。这些平原、盆地和谷地，一般在海拔1200～3500米之间，为自治州主要的农牧业区。
气候特征
克孜勒苏柯尔克孜自治州气候属典型的温带大陆气候，其特点是光照充足，干旱少雨，冬季寒冷，夏季炎热，春秋季短促，且气温多变。气候差异极大，垂直反应明显。既有终年永冻的寒冷高山带，又有夏季酷炎的平原区；既有终年不化的冰雪降水带，又有干旱无雨的久旱区。相对温差达16.6℃。
