11世纪，在海拔2449米高度的大圣伯纳山口，僧侣们建造了一个食宿所，供旅行者和朝圣者使用。在那里，自17世纪起便将大型山地犬用于保卫和防护工作。这种犬当时被用作伴侣犬，并专门用于救护在雪和雾中迷路在旅行者。以多种语言出版的《白色死亡》中记载有这种犬的多起救人性命之事。

曾在1800年带领波拿巴的军队通过山口这一说法使得这种犬(当时称为巴里犬)在整个19世纪里名扬欧洲。传奇狗“巴里”成为救护犬的典型。圣伯纳犬的直系祖先是在这一地区较普遍的大型农场犬。在按照既定标准经过几代的繁殖之后，这种犬被培育成如今的品种。来自伯尔尼附近的霍利根的享利奇•舒米切尔，第一个在1867年针对它的犬发布了谱系文件。1884年2月，瑞士良种犬登记工作开始。第一登记的圣伯纳犬是“利昂”，并且接下来登记的28个也与圣伯纳犬有关。1884年3月15日，瑞士圣伯纳犬俱乐部在巴塞尔成立。在1887年6月2日的国际犬大会上，圣伯纳犬作为瑞士的一个品种得到正式认可，大会还发布了品种标准作为约束。从此以后，圣伯纳犬便一直被认为是瑞士的国犬。