此后苏格兰和英格兰分别作为独立的国家各自发展：1534年英格兰国王亨利八世进行宗教改革，创立英国国教圣公会。这样一来英格兰同仍保持天主教信仰的苏格兰之间又出现了宗教意识上的分歧。自从爱德华一世死后苏格兰从英格兰的统治下独立出来后就一直视英格兰为自己的最大威胁——事实上从当时的地缘格局而言：英格兰也的确是苏格兰最大的外患，为此苏格兰采取远交近攻之策——长期同欧洲大陆上的法国保持盟友关系，而法国则是英格兰的宿敌。苏格兰和英格兰这种对立关系持续到1603年时居然出现了一位共同的国王詹姆斯六世，然而这并不意味着两国的合并，事实上两国仍拥有各自的议会，彼此是两个独立的政治实体，只不过是奉戴同一位君主而已。这种统治模式对我们中国人而言是比较另类的，但欧洲人并不觉得奇怪，因为欧洲王室的继承关系是依据血缘，然而当时欧洲各国王室之间存在着错综复杂的政治联姻关系——詹姆斯六世尽管是苏格兰的王位继承人，但与此同时他也是英格兰女王伊丽莎白的侄孙，由于伊丽莎白死后无嗣，于是指定由这位侄孙继承王位。继承了英格兰王位的詹姆斯六世很快痴迷醉心于英格兰圣公会的君权神授理念，希望在苏格兰也能加强自己的集权统治。他的这种想法也影响到他的儿子查理一世——查理一世希望在苏格兰推行宗教改革，结果被激怒的苏格兰人直接发动了起义。查理一世为筹措镇压苏格兰起义的经费强迫议会通过自己的征税法案，结果引起了与议会之间的内战——这就是后来的英国资产阶级革命的由来。在和议会撕破脸后查理一世又转而和苏格兰结盟对抗议会军，但这并没能挽救他的失败，此后英格兰先是成立了资产阶级共和国，然而不久之后就被克伦威尔篡夺了实权并自封护国公，1689年英格兰通过《权利法案》过渡成为君主立宪制国家。

这一时期的苏格兰人也并没闲着：他们眼瞅着葡萄牙、西班牙、荷兰、法国、英格兰都在殖民扩张中赚得盆满钵满，于是他们成立了“苏格兰对非洲及东、西印度群岛贸易公司”并开始公开募集资金，试图在中美洲的巴拿马建立自己的殖民地。结果苏格兰探险队在当地的热带疾病和视美洲为自家后院的西班牙人的双重攻击下无功而返，这次失败的殖民探险活动使苏格兰欠下了相当于苏格兰当时流动资本的1/4到1/2的巨额债务。苏格兰本就是小国，根本无力偿还这笔巨额债务。此时英格兰向苏格兰伸出了橄榄枝——表示愿意为苏格兰承担债务，而交换条件则是与英格兰组成联合王国。别无选择的苏格兰只得通过《联合法案》同英格兰组成联合王国。就这样英格兰通过无数次战争都无法征服的苏格兰最终被英格兰以强大的经济实力合并。事实证明合并后的苏格兰开始走向腾飞：到1801年苏格兰人口已达到167万人，增长了67%。苏格兰的税收从合并时的11万磅增长到1813年的525万磅。经济的繁荣使文化、科技等也得以迅速发展起来，于是从18世纪晚期开始涌现出了大批苏格兰名人：这其中包括《国富论》的作战亚当·斯密、《人性论》的作者大卫·休谟以及、发明蒸汽机的詹姆斯·瓦特以及开创曼联历史的亚历克斯·弗格森爵士。英格兰和苏格兰的合并并非武力吞并，而是建立在双方彼此在国防安全和经济发展的互利合作之上。那么苏格兰为什么还要闹独立呢？