然而让光孝寺在佛教史上写下浓重笔墨的要从另一位远方来客的到来开始。我们可以从寺志里可以发现，西域的名僧昙摩耶舍也就是开山祖，来到广州传教。

在很多记载如记载有关昙摩耶舍的文献《高僧传》也记录不多，人们只知道他的中文名叫法明，来自古印度。传说中昙摩耶舍聪慧过人，有着超人的悟性，从小精通佛教经典，出家的他到各地传道受法，在公元405年到公元418年通过丝绸之路来到长安

之后又南下在广州光孝寺翻译佛经，传道佛法。昙摩耶舍在在这里建立大雄宝殿，改名为王苑朝廷寺，又叫王苑寺。几十年后昙摩耶舍回到了西域，但是他带来的文化，永远留在了广州这座光孝寺里。

公元505年在昙摩耶舍离开光孝寺半个世纪多后，天竺国高僧印度僧人智药禅师航海来到广州，他带来一株菩提树苗，把它种在寺庙里，最初的菩提树在一场电闪雷鸣中毁掉了。

现在的存在的菩提树是他移载存活的分枝，1500年过去，这株菩提树渐渐称为光孝寺的象征。

公元520至公元526年，大约菩提树在光孝寺生长20年之后，达摩从印度出发，沿着海上丝绸之路来到中国广州。