误解一：进化论就是生物「从低级到高级」的「进化」。
实际上，「进化论」这个词不太准确。更准确的叫法应该是「演化论」。
进化论的意思仅仅是，基因中那些适合环境的部分被保留下来了，不适合的部分被淘汰了。这中间并没有高级和低级之分。
有些人会觉得从单细胞生物进化为人类，是从「低级」生物「进化」到「高级」生物的过程，人类比单细胞生物更「高级」。然而，人类的机体构造虽然比单细胞生物更复杂、人类的智慧比单细胞生物更高，但这并不一定就是进化的方向。
假如「高级」生物指的是更复杂的生物体，并且进化论是「从低级进化到高级」的话，那么经过几千万年的「进化」，为什么今天还会有细菌、有昆虫呢？为什么比细菌构造更复杂的恐龙反倒灭亡了呢？其实，为了生存，有很多生物的构造从复杂演化为简单。
达尔文在《物种起源》书里画了一张插图，画的是一棵巨大的树，树根是原始生物，越往上树的分叉越多，生物越复杂。这张图暗示了生物是从低级到高级「进化」的，生物越进化，构造越复杂。
这是《物种起源》里唯一一张插图，我们的课本上过去也有这张图，然而这张图是错的。目前生物学界更喜欢的画法是把所有的生物画成一个圆形，越靠圆心的生物在地球上生存的时间越早，人类和今天所有的动植物平均分布于圆形的边缘，看不出谁比谁更高级来。
这幅圆形图的意思是说，不管生物的构造是否复杂，大家都是演化的幸存者。
正因为有些人误以为生物在演化的过程中有一种从低级到高级的趋势，因此产生了一系列误解进化论的结论。
比如在基督徒那里，从低级到高级的趋势就成了上帝意志的体现；在叔本华那里，这就成了所有生命都有某种生命意志的证明。澄清了这个误解，这些观点也就不成立了。
还有一个常见的问题：「今天的猿类为什么不会再变成人了？」这个问题的错误之处就在于把进化的过程想象成是一棵大树，根部的生物都要想办法向顶部生长，所以误以为任何时代任何情况下猿类都有变成人类的可能。
如果换成圆形图，就不会有这个误解了。人类并不比猴子更高级，因此猴子即便再进化，也不一定就会朝着人类的方向进化。到底进化成什么样子，取决于它们受到了什么样的生存压力。
误解二：生物的后天努力可以改变基因。
这种观点叫作「拉马克主义」。我们都知道「用进废退」的说法，如果我们总用左手工作，那么左手就会比右手更粗壮、更灵敏。拉马克主义认为，这种「用进废退」的现象会影响到下一代。也就是说，以前的长颈鹿因为够不到高处的树叶，就使劲地伸脖子，把脖子伸长了，它生出的下一代的脖子也就变得更长。
达尔文的进化论则认为，长颈鹿并不是自己把脖子伸长的，而是每一代新出生的长颈鹿因为基因的变异，脖子有长有短，脖子较短的长颈鹿很难生存下来，都死了，只有长脖子的基因才能留下来。久而久之，长颈鹿的脖子也就越来越长了。
拉马克主义同样给进化论加入了一种「生命意志」的味道，给进化论增加了方向感。因为生命拼命地想活下去，拼命地要努力，所以某个地方就「进化」了，进化就是生物生命意志的体现。
这个假说很容易检验，有人把每一代小老鼠的尾巴都剪短，坚持了好几十代，最终生下来的老鼠却仍旧长出尾巴。
还有一个更简洁的反驳：假如拉马克主义是正确的，那为什么人类会有处女膜？
虽然理论不成立，但是拉马克主义在感情上更容易被接受，因为它赋予生物在进化道路上的主观努力，让人觉得，生物在进化中是「奋勇向上」的。相反，在达尔文这里，生物的进化完全是被动的、无知的。基因并没有「想」变成什么样，完全是随机变成各种样子，再由残酷地淘汰——生物个体的死亡——来把不适合生存的基因淘汰掉。
虽然达尔文的理论很冷酷，但是他的理论很简洁，进化完全是客观发生的，不存在主观因素的参与。
最后要说明的是，关于拉马克主义，目前还有一些新的理论，认为部分性状的后天改变是可以遗传给下一代的。这是一个还在发展中的理论，即便成立，对我们后面的结论的影响也不会很大。
误解三是上一条衍生出的结论。
从个体看，基因进化完全是无序的、随机的，生物根本不知道自己该进化到什么方向。
但是从宏观看，从成千上万代生命这个总体性来看，基因又好像是有意识的，似乎是基因在努力延续自己，不断把自己变得更有竞争力，更有适应能力。
后者完全是一种错觉，但是我们在宏观上讨论进化的时候，是可以这么理解的，并不会导致错误的结论。当然我们时刻不要忘记，这意志其实并不存在。
误解四：为什么动物不能进化出机关枪？眼睛这么复杂的器官，只靠基因突变就有可能进化出来吗？
这是一个问题的两面。
对于第一个问题的回答是，单一的机关枪零件并不会对生物的延续有什么益处，所以即便生活随机突变出单个的机关枪零件来，也显不出生存优势，反而会因为累赘而被自然界淘汰掉。
另一方面，基因突变的能力并不是无限的，基因可以使下一代的某个骨头更长一点或者更短一点，但是没法一下子进化出机关枪这么复杂的新东西来。
所以虽然不同生物之间的特征千差万别，我们却能找到很多相似的地方，比如脊椎动物的骨骼结构都差不多。陆生动物向鸟类进化的时候，只能让身上的羽毛越来越厚，让前臂逐渐变成翅膀，而不能一下子长出全新的翅膀来。
那么，由此就会产生第二个问题：眼睛这种非常复杂、少了任何一个微小部分就没法看东西的器官，是怎么进化出来的呢？解释是，如果我们详细分析眼睛就会发现，每一个微小的局部在进化过程中都有一定的作用，不会存在没有任何作用的进化。
误解五：那么雄孔雀的尾巴呢？这玩意儿纯粹是累赘！
这个疑问乍一看的确是对进化论非常有力的攻击，所以达尔文说：「每当我凝视雄孔雀的尾羽，总感到一阵恶心！」
解释是，进化中除了生存选择外，还有生殖选择。
说白了，决定某一种基因能不能流传下来的原因，首先是前面说过的生存压力，带有不实用基因的个体都会死掉。此外还有第二个因素，就是看带有这一基因的个体和异性交配的机会是多还是少。
对于有性生殖的动物，交配是这么一回事：雄性交配的成本很低，几分钟后就没自己的事了。雌性不同，成功受孕直到生出下一代，在这段时间里都不能再重新受孕。所以在生殖这件事上，雄性和雌性相比，雌性是稀缺资源。也可以这么说：雄性个体要把自己的基因传递下去，最优的策略是寻找尽可能多的未孕雌性交配。雌性个体的最优策略，则是千挑万选，寻找基因最优秀的雄性交配。
那么雄性想要让自己的基因遗传下去，就必须和其他雄性竞争。最常见的竞争方式是武力搏斗，也包括用华丽的外表、漂亮的巢穴等等东西去吸引雌性。所以在有性繁殖的动物里，我们会发现，最漂亮的动物常常是雄性的，和我们今天的社会正相反 ⋯⋯
你可能还会问，那雌性为什么会对有华丽外表的雄性感兴趣呢？比如，为什么雌孔雀会对有大尾巴的雄孔雀感兴趣？这样的雄孔雀不是生存能力更差吗，这还符合进化论吗？
这个进化过程可能是这样的：最开始雄孔雀的尾巴还没那么长，雌孔雀选择尾巴漂亮一点的雄孔雀，是因为漂亮的尾巴代表了雄孔雀身体里没有寄生虫，身体健康。所以雌孔雀的基因促使她们对尾巴漂亮的雄孔雀感兴趣（那些对漂亮尾巴不感兴趣的雌孔雀基因，因为有更大的概率去和不健康的雄孔雀交配，所以被淘汰掉了）。我们说了，在交配中雌性是稀缺资源，那么同样都是尾巴漂亮的雄孔雀，就只有最漂亮、最显眼的那一只被雌孔雀挑中。长此以往，雄孔雀的尾巴就像长颈鹿的脖子一样，越来越大、越来越漂亮了。
当然不要忘了，决定基因遗传有两个因素，生存压力是第一位的。之所以雄孔雀的尾巴能进化到严重影响生存的地步，这是因为孔雀的生存压力很小。假如生存压力大的话，当雄孔雀的尾巴进化到让自己不容易逃跑的时候，大尾巴的雄孔雀就都被吃掉了。孔雀的尾巴只能变大到刚好不会成为逃跑累赘的大小，就停止变大了。就比如公鸡的鸡冠、公狮子的毛发，都起到吸引异性的作用，但大小不可能更夸张，不会影响逃生和它的捕食。
和孔雀例子类似的是，为什么人类进化以后，毛发会越来越少？我们知道，毛发能耐磨、能御寒，好处很多。之所以人类的毛发越来越少，这大概是因为只有毛发少的人类才能向异性更好地展现自己的身体：体型匀称、体色正常、没有皮肤病，等等。
当然，这肯定还和气温变暖、人类学会用火和衣服御寒有关，否则人类中的大部分都被寒冷夺去生命，那么毛少的人类也就不会生存下来了。
误解六：进化论还只是一种未经验证的假说。
反对进化论的宗教人士特别喜欢这么说。但有两个解释可以反驳、否定进化论的倾向。
第一，所有的科学理论都是一种假说。这就是为什么我们前面要费这么大力气解释进化论的细节，我是想让大家明白，达尔文进化论是目前最合理、佐证最多、反证最少，也是最简洁、最聪明的假说。
第二，有越来越多的科学发现增加了进化论的可信度。除了现实中可以观察到活生生的进化过程外，最有力的证据，是在不同地质层里发现的化石都符合进化论的预言。
另一个有力的证据是人工培育。我们今天接触的大部分生物，粮食、蔬菜、瓜果、家畜、宠物，全都是人类选育出来的。今天的小麦也好，家猪、宠物狗也好，放到野外去就都不可能生存了。人工选育的过程是加速版的进化论，是进化论的应用和证据。
在生物研究中，我们还会发现很多「笨拙」、无用的设计。假如生物真的是由一位最智慧的神灵设计的话，这些地方本可以被设计得更好，这也可以反驳「神创论」。
误解七：把进化论推广到社会学领域。
在接受了进化论以后，有些人试图把这一理论应用到其他领域，就像哲学家把力学应用到机械论世界观中一样。其中给人类造成最大恶果的就是社会达尔文主义了。
简单地说，社会达尔文主义的意思是，我们的社会也应该像优胜劣汰的大自然那样，有很高的淘汰率，把不适合生存的人都淘汰掉，以便达到最高效的进化。其中最具代表性的就是纳粹的种族主义。
纳粹认为只有「优等」种族才有权利在资源有限的地球上生存下去，其他的「劣等」种族必须淘汰掉，以免和优等种族抢夺资源，以免他们以通婚方式「污染」优等种族的基因。这种社会达尔文主义给纳粹迫害犹太人找到了理论借口。
在这种理论的支持下，纳粹还会*害老人、残疾人、精神病人等弱势群体，因为他们不再有竞争力，对国家的索取大于贡献，拖国家的后腿。
毫无疑问，这种观念和我们今天奉行的人道主义严重相悖。我们可以暂时放下道德谴责，看看这种理论是不是还有其他可以反驳的地方呢？
这里面还有一个有趣的问题。
我们可以用一句简单的话概括，它就是：要求为了集体（优等基因）的利益，无条件牺牲个体的利益。为了延续「优等」种族，牺牲更多的人民。
这是一个集体主义的价值观。然而，根据进化论，我们还可以得到另一个完全相反的结论：
进化论不是说基因的遗传——即个体的生存、生殖——是最重要的吗？换句话说，人类基因的本性就是自私的，这是毋庸置疑的，因为不自私的基因都没得到遗传。
那么，自私不就是人类的天性吗？这样看来，每个人都为自己的利益行事也是天经地义的。「人不为己，天诛地灭」，这便形成了和社会达尔文主义相反的、极端的个人主义的价值观了。
怎么看待这两种观点呢？
英国作家理查德・道金斯写了一本《自私的基因》，解释了生物种群中的利他行为。
比如有的蚂蚁为了其他蚂蚁的生存，会牺牲掉自己。这是因为，在有的情况下，我们应该把某一个生物群体看成一个基因单位。
