在元末，由于色目人优于本地汉人族群，在经济、政治、军事等领域均有较汉族更大的优势。这加深了族群间的矛盾。由于明初的战乱本质上是反对蒙古人的统治，但实际上由于族群的对比，色目人首当其冲。因此在明初，在东南沿海特别是长江以南地区，在反“色目人”的活动中，回回也死于非命较多，许多回族人为了逃避迫害背井离乡，有些隐姓埋名，或直接加入到汉族之中，使东南沿海的回族人口一度由盛转衰。直到明中期以后，东南沿海的回族人口，才得到补充和发展。

在社会动乱状态下，族群的亲和力要远高于政治上的团结能力，这也是元末后期，各地势力多如牛毛。这时，我们看到许多起义军，初称为回回军，色目军等等的主要因素。朱元璋得到了这部分人的大力支持，也与当时的社会状态相关。在明朝建立起始阶段，朱元璋主要转战于江浙、江西行省，在冯国用的强力影响下，目标确认金陵为都城的长期目标。