▲美国占据的菲律宾都督府（粉色）

虽说南方在政治上拥有自治权，但实际上南部自治政府的选举内务、选举以及司法等诸多部门都是由北方移民把控权力。

随着北方移民的不断增多，南方的资源在得到开发的同时也在被运往北方，经济上南方有着成为北方附庸的趋势。

这些政策对于菲律宾南北关系造成了极大伤害，南方开始将对殖民者的不满逐渐转移到对北方中央政府的身上。这种转移是南北的社会隔阂与族群对立问题在菲律宾独立后进一步延续、甚至恶化的重要背景。

在取得对菲律宾的主权后，时任美国总统麦金莱1899年在给美国国会的信中确定了美国对菲律宾政策的基调：

“对于菲律宾，我们不是来掠夺的，而是要用发展、文明化、教化的政策，训练他们能够自我管理。”

于是，美国将自己的一套政治体制移植到菲律宾，即最高权力在美国掌握的前提下，废除西班牙原有的殖民体制，建立一套新的仿“美国式”的参议两院政治体制，而菲律宾在“美国利益优先”的基础上享有一定的自治权。

对于南部地区，美国在1902年便撕毁吉兰姆·贝兹条约，对摩洛人进行直接统治，美国照搬西班牙管理模式，建立摩洛省，最高权力由菲律宾总督把持，地方上则设了五级行政省；并引进美国司法体系，给予当地人一定领导权。

▲菲律宾总督（1901年-1904年）威廉·霍华德·塔夫脱，后来担任第27任美国总统（1909-1913）

1914年更是撤掉了摩洛省，设立棉兰老和苏禄部。北部的精英分子则担任重要官职，掌握摩洛地区的立法权。

教育、农业、医疗的管理权也由摩洛地区转移到了北方的马尼拉。后来美国再次加速摩洛“菲化”的进程，棉兰老和苏禄部也被撤掉，其职权转移到内政部下属的“非基督教部落局”。

20世纪初，菲律宾人民独立意愿愈发强烈，1923年爆发了“内阁危机”，内阁成员与参众议长集体辞职。

最后，经过数十年的争取，以及美国内部利益集团的施压，菲律宾人以极大程度的贸易优惠为代价得到了美国的独立允诺。

▲1924年菲律宾独立使团代表

1934年，美国国会通过法案，许诺十年之后给予菲律宾独立，但随后成立的菲律宾国协在版图确定上却忽视了南部穆斯林的诉求。

最终菲律宾国协确立了包含吕宋岛、米沙鄢岛、棉兰老岛三大岛区在内的国家版图，但这种沙文主义式的“统一”自然不会得到南部的认可。

▲1935年建立的菲律宾自由邦国旗

在国协发布版图规划不久，一群穆斯林上层人士向美国国会递交了一份《权力与目标的宣言》，声称代表50多万穆斯林，“坚决要求作为一个摩洛国家、一个具有宪法意义的苏丹国并得到世界的承认”。

1935年，菲南一些穆斯林领袖集体写信给罗斯福，指出菲律宾是由两个不同宗教习俗和传统的民族构成的，要求穆斯林聚居区不被并入即将被承认的菲律宾联邦。

但二战的爆发打断了菲律宾的独立进程，在太平洋战争中，日本入侵菲律宾并扶持建立菲律宾第二共和国，表面上许诺其独立，实际上却是由日本军方直接掌握权力。

而在日占期间，南部仍有游击队在坚持抵抗，据统计在日占期间菲律宾共有26万人规模的游击队，仅棉兰老岛有约4万人。

在菲律宾人不断抗争的同时，其独立意识也在不断加强，而同仇敌忾也暂时使原本南北双方的矛盾得以缓解。

二战结束后，1946年菲律宾正式独立，棉兰老地区也正式成为菲律宾的一部分。