按照规定，医保支付中断首先会影响医保待遇。医疗保险从下个月起不再享受医疗保险。一年内累计断缴不超过三个月的，重新缴费后断缴前后的连续参保年限可合并计算，并享受医疗保险待遇；如果中断缴费超过三个月，只需重新缴费即可享受医疗保险。同时，停止缴费期间发生的医疗费用不予报销。
生育保险原则上必须连续参保6个月以上才能享受待遇。如果中途断缴了，只有重新支付费用才能享受待遇，同时，失业保险也是如此。总的来说，除了可以把养老保险断掉再补，别的都没有办法。
而新农合是每年支付一次。目前，国家未规定新农合的保险期限。只要交了就可以享受报销待遇，不交就不能享受。
报销比例不同
社保报销比例高，报销比例一般为70～80%；如果缴纳社保后就医，仅2000元以上的医疗费用才能报销，报销比例为50%。 70岁以下退休人员医疗费用1300元以上可报销，报销比例为70%；70岁以上离退休人员，医疗费用1300元以上可报销80%。同时，无论何种人群，门诊及急诊医疗费用最高限额为2万元。
新农合的报销比例较低，一般为50～70%，尤其是在其他地方报销时，报销比例可能只有30～40%。在村卫生室或村中心门诊就诊的，报销60%，每次就诊的处方药费限额为10元，临时补液处方药费限额50元；镇卫生院报销医疗费的40%，每次检查费和手术费限额为50元，处方药费限额为100元；二级医院报销30%，每次检查费和手术费限额为50元，处方药费限额为200元；三级医院报销20%，每次检查费和手术费限额50元，处方药费限额200元。
这两类人不用缴
当然，新型农村合作医疗也考虑到了部分群体的实际情况。可以免除费用的人群有两种：一种是农村老年人。很多地方都规定70岁以上的老人可以免征新型农村合作医疗的缴费，当然不同地方对新农合缴费有不同的规定。比如有些地方80岁以上是免交的，而北京规定只要你在60岁以上缴费金额只要50%即可。
另一个是农村贫困群体。现在农村有5个保障户、低保障户和残疾人等。他们没有什么收入来源，新型农村合作医疗的收费年年上涨，他们肯定买不起。届时，当地政府会特别照顾他们，并根据不同情况进行减免。
那么，同时交两种能一起报销吗？
答案是非常肯定的：不会。为什么？首先，新农合和社保可以同时购买，但是社保中的医保和新农合报销会产生冲突。所谓的“报销”，都是花多少，最高就能报多少。其次，绝对不可能在这边报一次，那边报一次。当你生病住院需要保险时，你只能选择一种保险。当然，你可以选择哪个保险比例高，然后报销另一个。
最后，不仅这两种医保不能同时报销，甚至就连商业医保也是不能再重复报销的。社保报完剩余的部分就是商业保险报，或者商业保险报完的剩余部分，社保再报。总之，是不能同时报销的。
