12.人类补完计划
“人类补完计划”是EVA中最重要的一个线索，整个故事都是围绕着这个计划进行的。
SEELE、人类补完委员会与碇源度共同推进着这个计划，目的是决定未来人类进化与发展的方向。简单来说，就是人们失去个体的存在方式，所有人类打破心之壁（失去AT力场），化为LCL后融合在一起，所有人的灵魂重回莉莉丝体内，从而进化出近乎于“神”的完美生命。Seele根据死海文书中所记载的内容判断：“人类只有放弃个体，互相补完，才能进化为新的姿态”，碇司令的目的则是再次与亡妻碇唯相见。
仪式开始后，初号机与九台量产机共同飞上天空，遗失在月球的朗基努斯之枪回到地球，初号机的四片翅膀形成一个像是羽翼的十字。SEELE见到发动第三次冲击的所有条件都已具备，命令量产型现出真正的姿态，九台EVA量产机咬着初号机的十字羽翼飞上了天空，在天空组合为卡巴拉之树。
碇源堂和绫波在最终教条区完成着他们的计划，植入他右手的亚当与承载莉莉丝灵魂的绫波丽融合。绫波丽吸收碇源度右手中的亚当，并和莉莉丝的本体合而为一，莉莉丝脱下脸上的“耶和华之眼”面具，变成巨大的绫波丽，穿过NERV司令部向初号机飞去。SEELE的计划成功了，第三次冲击*死了所有人类，人们在美好的幻想中失去自己的形态，肉体化为LCL，灵魂则飞向莉莉丝。全世界的生命都变成了光十字架，并且通过莉莉丝手中的黑之月回归母体，化作生命之树的初号机也进入了莉莉丝体内。
人类补完计划顺利完成，所有人从精神到肉体都合二为一，世界上再没有隔阂与不理解，初号机成为了神，但真嗣却感觉这不是他想要的世界，他还是喜欢那个有他人存在的世界，尽管不一定完美。丽告诉他这个世界是为他创造的，他可以决定是继续还是变回原来的样子，只要有自己的意志，就能重新从LCL之海中走出。真嗣回到海岸上，发现不远处躺着的是满身绷带的明日香。
《EVA》中究竟存在不存在“神”，这一点无法取证，从我们得到的信息来看，只是所有的生命体在努力向神的方向进化。亚当和莉莉丝是外来的生命体，为地球带来了生命火种，他们同样不是神，后来诞生的使徒和人类，都是不完美的生命。使徒拥有无限的生命，可以不进食生存、自我再生，却只是像野兽一样依靠着本能来行事，它们最大的本能就是重新与亚当融合，实现新的进化。人类拥有智慧，个体的生命却非常脆弱，同类之间也充斥着不信任和不理解，可是若真把全人类熬成一锅汤，变成一个巨型生命体，相信大多数人都会像碇真嗣一样困惑：这样的世界，真的好吗？
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