明末清初一般指1600年～1644年这段时间，也就是400年前左右。这个时候人们能够看到水里面的虫子吗？我想，能看到。大些的虫子肉眼就能够看到，而小些的虫子，通过放大镜能够看到。

一些资料介绍，早在中国古代，就有用透镜观察星星的记载，那时的透镜是用水晶或宝石磨制而成。确凿的证据是，江苏江阴扬州憎泉山的刘荆墓葬中，出土了一枚小巧玲珑的水晶凸面镜，呈圆形镶嵌在一个环形金圈里，能够让物体放大五倍。

刘荆为东汉山阳王，生存于公元前。因此，可以断定，在2000多年前，中国就有放大镜了。到了元代，眼镜就已经开始广泛应用了，不过只限于宫廷和富贵人家。这一点在《马可·波罗游记》中有确切的记载。

马可波罗是意大利人，1271年随父亲和叔叔来到中国，1295年回到意大利，在中国二十多年，将自己的见闻写在了《马可·波罗游记》里，让世界了解了东方的富庶，在世界激起了巨大反响，据说哥伦布也是受这本书激发才游历世界的。

从这一点说，即便是古代，要看到碗里有些虫子或微生物，也并非什么难事。但具体到八万四千虫，就完全是凭想象了。其实不管是佛祖，还是儒教、道教、墨子等先贤，都是很聪明的人，他们都能够通过对世界的观察和理解，得到自己的领悟，才创造出各自的学说。

这些学说本身就是一种文化，或者说里面包含有辩证法和哲学的因素。但他们得到的一些大道理，主要是通过冥思苦想（所谓参禅、修炼、打坐、闭关），而将这些现象融会贯通，达到“领悟”的境界，这种得来的知识，并没有严谨的数据支撑，因此只能归咎于文化范畴，而不是自然科学。

真正的自然科学是小道理，是自然界各种现象的本质和具体的道理。比如哲学或者做古文化认为，事物都有阴阳和矛盾的一面，物极必反都有相互转化的一面。但具体到生物或人，具体到太阳和月亮，具体到病毒和细菌，这些事物的阴阳和矛盾是什么呢？怎么相互转化呢？这才是科学。

这就要求，自然科学对事物的研究，不但要定性，还要定量。观测、实验、试验不但要看表象，还要仔细分析内部普遍联系，对一件事不但要定性，还要定量分析。这些才是科学的方法。科学方法得到的结果，经得起任何人用同样的方法检验，并能得到同样结果。

这样得到的结果，才是科学事物或科学的成果。

而所谓“八万四千虫”这类说法，只不过是说水里的小虫子（或微生物）很多而已，是一个定性词，而非定量词。因为凭着佛家有限的条件和禁锢的思维模式，只能得到一个大致的定性结果，就是水里有“虫子”。但这些“虫子”到底有多少种类，有多少个，就没办法知道了。