况且在日本的方案中琉球北部和中部绝大部分地区都处于日方控制下，而中国只得到土地贫瘠的南部诸岛，中国通往太平洋的海上通道仍受到日本的遏制，台湾仍将面临来自日本的巨大战略压力。可以说中国尽管在表面上看似得到琉球南部的几个岛屿且可以将其并入自己直接管辖的领土，然而却无助于改善中国东南海疆的战略态势，反而还要背负与日本合谋瓜分藩邦的恶名。与此同时日本方面的方案是附带交换条件的：中国应修改日清通商条约，允日享有最惠国待遇。

有鉴于此的李鸿章也担心日本会利用这一条款趁机向中国索要更多政治经济利益，从而为将来埋下隐患。日本提出的方案公布后流亡在中国的琉球人士再三向清政府请愿表示宫古、八重山二岛土地贫瘠，无法生存，万不可接受。林世功甚至在北京总理衙门前自*以示抗议。林世功自*后清政府拒绝在谈判条约上签字，于是中日之间围绕琉球问题的谈判就此搁置。也许当时李鸿章等人还想着暂时搁置争议以待日后解决，然而甲午战败后清政府被迫与日本缔结《马关条约》。

至此清政府连自己的领土台湾都割让了，至于早已被日本实际吞并的琉球就无力声索了。当初明太祖朱元璋曾派闽人三十六姓移居琉球，帮助当地人防备倭寇和发展当地经济，这三十六户闽人后裔定居于如今那霸市的久米村。身为汉人后裔的久米人在历史上曾诞生过抗击日本萨摩藩入侵的英雄人物郑迥，甚至在琉球被日本吞并后这里的人们仍拒绝穿和服、说日语并设法与当时的清政府取得联系，直到1895年《马关条约》签订后日本占据台湾，从而切断了久米人同中国的联系。

尽管腐朽的清政府无力惩罚日本公然吞并自己属国的行为，最终只得以拒不承认的方式作为一种无声的抗议。然而今天我们回头重新审视这段历史可以说这种无声的抗议并非是毫无意义的：如今的国际体系是由西方式的条约关系为主基调的，而东亚传统的宗藩朝贡体系早已成为历史，条约体系在东亚取代宗藩体系是经历了一段相对漫长的历史时期的。在帝国主义列强侵略中国及其藩属国的过程中一开始是承认在东亚已维持数千年之久的宗藩朝贡体系的。