杨过离开古墓去寻找小龙女的途中遇见了陆无双，完颜萍，耶律齐兄妹。当他与几位少女相处后，明白了小龙女离开的原因，懊悔不已，情绪所致，不变方向信马由缰，结果来到了华山，遇见了洪七公和欧阳峰。在华山之巅，北丐与西毒拼斗内力而死，杨过把二人葬后下山，继续寻找小龙女。他混入丐帮，来到了大胜关武林大会。

本书行文至此，算是杨过命运的分水岭。

在大胜关武林大会上，郭靖夫妇认出了杨过。郭靖欣喜之余欲将女儿郭芙许配与杨过。黄蓉试探杨过后与他长谈冰释前嫌。杨过在此与小龙女重逢。尽管二人联手打退了金轮法王，但当杨过说出了要娶师父后，各路大侠们瞬间翻脸，郭靖更是对杨过失望透顶，说出了杨过字改之的来历。杨过与小龙女在众人嫌弃中离开。 随后在路上遇到金轮法王挟持黄蓉母女，两次将她们救出。黄蓉为完成郭靖的心愿，告诉小龙女她和杨过的爱情为世不容。为了免得杨过被世人看不起，小龙女再次不辞而别。

杨过再次去寻找小龙女。在途中巧遇程英和陆无双。与黄老邪和周伯通结为忘年交。从傻姑口中得知*父仇人乃是黄蓉。此时，蒙古大军南下攻打南宋，郭靖夫妇带领义军守卫襄阳城。这里有一个人物不得不提，就是黄老邪的徒弟铁匠冯默风。文中有他和杨过的一段对话: 杨公子正当英年，何不回南投军，以御外侮？杨过一呆，道：不，我要北上去寻我姑姑。蒙古军声势如此浩大，以我一人之力，有甚么用？冯默风摇头道：一人之力虽微，众人之力就强了。倘若人人都如公子这等想法，还有谁肯出力以抗异族入侵？说完头也不回地去襄阳投军了。杨过此时的价值观是摇摆不定的，直到襄阳之战才被郭靖彻底感化。

而后杨过与金轮法王一起投身到蒙古大营之中，欲趁攻打襄阳之时报父仇。忽必烈得知大宋高手加入，于是设宴接待他们，不料周伯通闯进来捣乱，引着杨过和金轮法王等人追去探查究竟，一直来到绝情谷，却得知小龙女与谷主公孙止即将大婚的消息。原来，小龙女出走后因练功走火入魔，被贪恋小龙女美色的公孙止所救，万念俱灰下答应嫁给公孙止。两人相见，冰释前嫌，小龙女立即拒绝了绝情谷主的婚约。公孙止气恼之下用“情花”刺伤杨过，以解药绝情丹为要挟逼迫小龙女成婚。

公孙止之女公孙绿萼暗暗喜欢杨过，因去丹房盗药和杨过一起被父亲打入丹炉下的深渊，两人在潭底发现了四肢瘫痪的公孙止原配裘千尺。裘干尺当年被丈夫陷害丢下潭底，得杨过之力逃出之后，大闹公孙止的婚礼，趁机将其逼出绝情谷，并提出要杨过十八日之内去*死郭靖、黄蓉来换取解药。杨过一心为父报仇，毫不迟疑应诺下来，带着小龙女回到蒙古大营中。

蒙古大军开始进攻襄阳，郭靖夫妻率领众英雄抵抗。杨过和小龙女本意趁乱混入城中刺*郭靖，却被他的侠义感动，在最紧急关头屡次相救。郭靖在交战中身受重伤，襄阳城面临危机。黄蓉发现杨过此次回来神情有异，和小龙女一番长谈后，从她口中知道事情原委，为保护郭靖，她和小龙女约定，让她联手御敌，待自己生产后即献出首级为杨过换取解药，小龙女过意不去不停拒绝。大战之时，黄蓉诞下一对双胞胎，女孩取名 襄，男孩取名 破虏。黄蓉与郭靖避敌时，小龙女救下了差点被房梁砸死的郭襄。不料半路婴儿被李莫愁所抢。杨过一路追寻李莫愁，遇上武氏兄弟为了争夺郭芙抡剑相斗。杨过怜武三通慈父之心为让两人死心，假言郭芙已配自己为妻，却被随后赶来的小龙女听到。小龙女误以为真，伤心不已。返回襄阳城后，又偷听到自己乃是被甄志丙奸污的真相，因此离开杨过，千里追*甄志丙。在此期间，义救周伯通，因祸得福，学会左右互搏。

郭芙对两兄弟均有情谊，将武氏兄弟不再理会自己迂怒于杨过，并将自己偷听到的甄志丙、赵志敬的谈话添油加醋说出。杨过因她侮辱小龙女遂打了她一耳光，郭芙一怒之下拔剑砍杨过脖颈，不料只斩断他的右臂。杨过忍痛离开，醒来后偶遇前人独孤求败遗留的一只神雕，并在神雕帮助下，练成一身神功。郭芙闯祸之后，在母亲帮助之下逃出襄阳，路上两人正好遇到怀抱婴儿的李莫愁。趁黄蓉与李莫愁打斗期间，杨过带走郭襄作为报复。杨过携小郭襄回古墓途中，看到小龙女被全真五子围攻，身受重伤，怒用钝剑大战全真教，甄志丙向众人表明真相后自*谢罪。杨过想到古墓派全真教的以往纠葛，竟然胁迫道姑在全真大殿王重阳画像前与小龙女成亲。

杨过与小龙女带郭襄回古墓，以豹乳育之。在用内功为小龙女疗伤时，被闯进来寻找妹妹的郭芙误伤，伤情更加重。

两人离开古墓，打算度过最后一段日子。巧遇一灯大师赠送灵药，并指点他们去绝情谷寻天竺神僧救治。黄蓉、程英等人先后来到绝情谷为杨过寻求解药，公孙绿萼为帮助杨过被亲生父亲公孙止害死。裘千尺见女儿被害，怀着复仇之心和公孙止一同摔下深渊，李莫愁万念俱灰下死于火海。最后虽找到绝情丹，但天竺大师被害死，小龙女伤重不治。为怕杨过陪自己一起死，小龙女在绝壁上留下了十六年后相会的话语，跳进万丈深渊。

从这里开始，杨过走向了大侠之路。

杨过听信黄蓉南海神尼之说，自愿服下解药。与陆、程两女结为兄妹，将玉女心经传授陆无双，后回到神雕处修炼武功，时而行侠仗义，被人称为神雕大侠。以后，郭芙嫁于耶律齐，武氏兄弟也与完颜萍、耶律燕有情人终成眷属。

十六年后，小郭襄长大成人，聪明机敏不在黄蓉之下，而侠义心肠又颇得郭靖之风。因此与江湖众人很投缘。她久闻神雕大侠之名，机缘之下与杨过相识，成为知己。在郭襄十六岁成人宴上，杨过送上大礼为她庆生。郭襄也在黄蓉口中得知了郭杨两家的关系。

十六年之约到来的时候，小龙女没有出现，杨过绝望之际跳下绝情谷深渊，郭襄竟然跟随杨过一起跳下去，幸而杨过拼力将她托起，用大雕将她带上去。

杨过跳下之后随湖水漂流，竟在谷底找到了大难不死的小龙女。原来，小龙女跳下绝情谷之后未死，伤势逐渐好转，只是苦于找不到出路。两人重逢之后互诉衷肠，彼此借助回到悬崖之上。当得知蒙古皇帝亲征襄阳，郭襄被金轮法王捉住，要挟郭靖投降，杨过小龙女现身襄阳城，万军之中*死猛古皇帝，解了襄阳十六年的围困。襄阳解围后，华山之巅，众人拜祭欧阳锋和洪七公，东邪、西狂、南僧、北侠、中顽童五绝出世。杨过携小龙女辞别众人，悄然隐退。

杨过最终没有像父亲杨康那样狡诈奸猾，而是如郭靖黄蓉般聪明仁义，成为侠之大者。可叹金大侠在《射雕英雄传》中差点把杨家写绝了，终是拿《神雕侠侣》来补偿， 这也暗合杨过遗腹子的命运。