在苏州博物馆新馆设计之初，贝聿铭就仔细翻阅过苏州博物馆馆藏文物的分类资料，他希望为每一件展品的陈列量体裁衣，做出真正符合苏州、符合苏州博物馆的设计。苏作玉器、文房用品、象牙制品等艺术品以精细闻名，体积普遍偏小，因而人们更希望在较小的空间内欣赏它们。为此，贝聿铭设计了多宝阁式的展柜，将不同大小的展品各自放入初步制定的展柜中，整体考量，反复调整展柜的黑色框架线的粗细，以实现最佳的展陈效果。

贝聿铭为苏州博物馆新馆屋顶上设计了立体几何形体的玻璃天窗，窗户开在屋顶正中，与斜坡屋顶形成折角，使自然光以折射的方式更好地进入博物馆。同时，为了保护展品在展览过程中免受光线伤害，他还在玻璃下面加以木贴面的金属遮光条进行调节和过滤，充分体现了他“让光线来作设计”的精髓。

在苏州博物馆新馆的设计中，位于中央大厅北部的主庭院是让贝聿铭最为煞费苦心的。他以“宋四家”之一米芾的一幅山水作品为蓝本，“借以粉壁为纸，以石为绘也”，将巨石劈切成片，通过燃烧，制造出阴影，做出立体的效果，进而调整每一块石头的位置，使石片颜色由深入浅、高低错落地排砌于墙前，形成了一幅别具一格的山水画。在朦胧的江南烟雨笼罩中，营造出了米芾水墨山水画的意境。