核磁共振对人体的检测是通过分部位检测来完成的，这就导致核磁共振检测的复杂性。这种分部位的检测，会使医生的检测和患者的等待时间都变长。
患者做核磁共振如头颅核磁共振大约需要15-20分钟左右，腰部和上腹部核磁共振则大约需要30分钟左右，这是在患者没有在检查过程中配合度很高，没有其他状况出现时，控制在半个小时左右能完成。
如果出现一些状况，检查时间则会延长，检查时间太长会耗费医患的时间和精力，非必要不做核磁共振检测，同时对于急诊患者，我们需要快速的判断出患者的具体病情状况，相对于耗时很长的核磁共振，CT则需要很短的时间，就能判断出疾病的位置及状态，对于急症患者来说是更适合的，能够节约检查时间，让患者得到及时的治疗。
在做核磁共振检测时，医生会要求我们将身上所有的金属物品都取出，这是因为在检查时身上不能携带任何金属物品。在有铁磁性物质存在的情况下，这些物质均可能成为危险因素；会在检查者体内诱导产生电场而兴奋的神经或肌肉。
产生的电场在足够强度下，外周神经会产生兴奋性，可能也会引起心脏兴奋或心室震颤。还可能升高检查者的温度或损伤听力。对于有心脏支架或者是身体内注入铁板、带有金属牙套的患者来说都是不可以进行这项检测的。
所以说在做这项检测之前，一定要提前向医生说明情况，只有了解透彻了才能进行检测。
检测时间不仅耗时较长，同时需要患者有较高的配合度，例如对患者盆腔部位进行检查时，膀胱需要保持在充盈状态，这就需要检查前不能够解小便，同时对于有佩戴金属节育环的患者，必须取出才能进行检查。
在进行胸腹部检查时，呼吸要保持在平稳状态，呼吸不可过于急促，同时在检查期间咳嗽或吞咽动作等行为不能够出现，如果出现此类状况，检查时间就会延长，在进行头颅核磁共振检查时，需要患者保持头部姿势不动，然而由于部分患者疾病的特殊性，可能会出现左右或者上下摆动头颅的情况，这样很有可能影响需要检查的部位。由于患者本身疾病的原因或者其他因素，不能很好的配合检查，都会使检查的难度加大。
5. 检测费用偏贵
普通的CT检查一个部位大概300～400元，而磁共振检查的费用是CT的几倍，在做核磁共振检查的时候，都是按照一个部位的检测来进行交费的，如果需要检查的部位过多，就需要交多个部位的费用，整体费用就会高出好几倍。
对于没有什么大问题的人来说，选择价格昂贵的核磁共振检测是没有必要的。同时对于经济有限的人来说，频繁进行检查会给经济造成负担，当患者身体出现的疾病症状，需要通过这样的检测来确定最终的疾病位置及状态，建议患者才考虑进行这样的检测。
