1928年，南京市的地位进一步提高，成为了特别市，也就是那个年代的直辖市。既然南京市成为的特别市，江苏省自然需要新的省会城市。江苏省在扬州、苏州、镇江3个城市中反复权衡，最终，选择了镇江市。镇江适居苏省铁路、长江、运河三大干线之要冲…无不便利。结合各方面的条件和实际需要，从1928年7月开始，江苏省的省会迁往了镇江市。
一转眼到了1949年，在建国初期，出于实际管理的需要，南京市被临时提升为直辖市，成为了50年代前期10多个直辖市之一。当时，除了北京市、上海市、天津市等传统直辖市以外，南京市、西安市、武汉市、沈阳市等区域性大城市，也被临时提升为直辖市。同时，江苏省被拆分为苏北行署区、苏南行署区。
行署区属于50年代的一种区划方式，对标了各个省份。除了苏北、苏南行署区以外，我国还组建了川北、川东、旅大等几个行署区。苏北行署区的驻地在泰州市，苏南行署区的驻地在无锡市。这一时期，两个城市都具备了省会城市的部分职能。不过，这属于临时性的区划。过分复杂的区划，并不利于经济发展。建国以后，随着大规模战争的结束，我国进入了战后重建、发展经济的阶段。
苏南、苏北分治的情况，不利于经济建设。1952年12月，苏北、苏南两个行署区被合并，重新组建了江苏省。1953年2月，南京市被降级，重新成为了江苏省的省会城市。所以说，江苏省的省会驻地，先后历经了好几个城市的变迁，绕了一圈以后，重新回到了南京市。
南京的地理位置，是正处于秦淮河与长江的交汇处，大江大河的交汇处是大都市产生的重要条件。南京又位于江南江北的分界线上，位于东南吴文化、西方楚文化、北方中原文化、齐鲁文化等多个文化区的边缘地带，从文明时代开始就具有兼收并蓄的特点。虽然不断受到外来多种文化因素的浸染，仍能自成一体，保持着独特的文化面貌。
南京的地理位置非常好，能够同时兼顾几个方向的区域，这是其他周围大城市做不到的。关于南京，出现了“凭高据深，形势独胜……食海王之饶，拥土膏之利，民殷物繁”的说法。
