粪尿分集式厕所与传统的旱厕有很多相似之处，但也有几个不同的地方。

也正因为这些不同的地方，才使得集尿分集式厕所，更为的卫生、干净。

• 旱厕不是密封的，粪水味道很大，并且容易滋生蛆，苍蝇乱飞，非常的不卫生。粪尿分离是半封闭的，能阻止苍蝇等蚊虫的进入。
• 粪尿分集厕所的“化粪池”，是不同的容器，大解如厕后，可以用堆肥的原理，直接用草火灰加土覆盖粪，达到干燥无害化处理；并且便器有盖子，使用完盖上，可阻止臭气外溢。
• 尿液放置时间长，虽然在蹲便器底部的入口，有细小的孔，难免会有异味飘出。但可以购买一个具有密封性的尿桶，再把水管将其连接起来，就不会存在异味的问题。

农村自建房化厕所下面粪池的设计，可以根据不同地区选择不一样的化粪池。

像是有下水道、不缺水、冬天水管不结冰的农村，可采用三格式化粪池。

但要是缺水、气温低的农村，可以采用粪尿分离式厕所，在底部用桶当成化粪池。

以上两种厕所，都比农村传统的旱厕要干净、卫生多了。