多瑙河沿巴伐利亚高原（Bavarian）北部，经阿尔卑斯山脉（The Alps）和捷克高原之间的丘陵地带，流入位于维也纳盆地（Vienna Basin）布拉迪斯拉发（Bratislava，斯洛伐克首都）附近的“匈牙利门”峡谷，形成全长约966千米的多瑙河上游河段。其自然特征为两岸多峭壁，河道狭窄，流急滩险，河谷幽深，属典型的峡谷地段。
多瑙河上游支流有伊萨尔河（Isar）、菲尔斯河（Vils）、加伊巴河（Gaiba）、伊尔茨河（Ilz River）和因河（Inn River）等，主要依靠山地冰川和积雪补给，冬季水位最低，暮春盛夏冰融雪化水量迅速增加，一般6~7月份达到最高峰。
多瑙河上游流域的重要城市有累根斯堡（Regensburg）、帕绍（Passau）、林茨（Linz）和维也纳等，著名的瓦豪河谷（Wachau）就位于梅尔克（Melk）与杜伦斯坦（burgruine dumstein）两个小镇之间的36千米河段。
3 中游河段
从“匈牙利门”峡至贝尔格莱德（Belgrade，塞尔维亚首都）以东的南喀尔巴阡山脉（Southern Carpathians）的铁门峡，是全长954千米的多瑙河中游河段。由于是平原地区，河床变宽，河道曲折，并有许多河汊（河床中因河间岛或沙洲使水流分成两股或多股的河床）和牛轭湖（流水对河面冲刷与侵蚀，使之河流愈来愈曲，最终又会自然截弯取直形成新河道，旧河道废弃而形成的湖泊）点缀其间，又先后接纳了德拉瓦河（Delaware River）、蒂萨河（Tisza River）、萨瓦河（Sava River）和大摩拉瓦河（Velika Morava）等来水，使水量猛增1.5倍，并在南喀尔巴阡山脉中形成了全长130千米的峡谷段，其中有卡桑峡和铁门峡等著名峡谷。最大流量出现在春末夏初，而夏末秋初水位下降。
