比如曾有来自巴基斯坦的四组早期鲸鱼化石可以解释鲸鱼在适应水下生活的同时其耳朵的进化过程，而4300-4600年前的鲸鱼还有短腿、长尾和长嘴，有的还有强壮的后肢，这个阶段的鲸鱼被称为罗德侯鲸，它们被认为是分散到世界热带海洋的第一批鲸鱼，其有一个共同的特征就是已经进化出一套可以适应水下生活的听觉系统，为其后来进化出的超声波发送和接收装置打下基础。

接着，它们的前腿逐渐退化为鳍状肢，后腿和臀部消失，不过尾巴却越来越大，并且长成了类似鱼类的横向生长的样子，不过现代鲸后部骨架仍然都还保留着骨盆的痕迹，而且经常发生返祖现象，比如一些新生鲸有的竟然长有后肢。

从上面的鲸进化就能发现，最早的基因就是一种偶蹄类哺乳动物，其进化顺序是印多霍斯兽→鲸→游走鲸→罗德侯鲸→硬齿鲸→现代齿鲸和现代须鲸，其进化和演变体现了进化论中适应环境和自然选择的作用，这些演变体现到了它们的基因改变上，造就了现在多种多样的鲸豚类动物。其体型和陆生哺乳动物完全不同，开始变成和鱼类很相似的流线型躯体，而且分化出了捕食方式和大小很不相同的鲸类和豚类，再比如鲸类中个头很大的蓝鲸、须鲸、虎鲸等，由于抑制生长的基因缺失，所以它们一生中都会不停的生长，通常年龄越大个头越大。