孙中山来到广州后，首先就是建立护法运动的领导机构，成立了护法军政府，孙中山虽然有一定的号召力，但是本身并没有掌握真正的军权，还得依靠广州、广西等地的军阀，而他们又都各怀鬼胎，并不是真心拥护孙中山的护法运动，只有驻粤滇军第三师师长张开濡是真心拥护的，其他的都有自己的目的。孙中山也迫切地感到需要建立一支真正服从革命号令的武装力量，他把这桩重任交给了陈炯明，组建了粤军。

1917年10月上旬，发生在衡山、宝庆的南北两军的战斗标志着护法战争的开始。护法军政府积极开展活动，几个月内就有十多个省卷入了这场捍卫共和的斗争，但是西南军阀，特别是桂系加强了对孙中山领导的军政府的干扰、压制和打击，对粤军的发展更是压迫打击，甚至诱捕军政府陆军总长张开儒，枪*了次长崔文藻，极力排斥孙中山，孙中山最后没办法于1918年5月辞去了大元帅职，离开了广州，第一次护法运动失败。

第一次护法运动失败后，孙中山反对北洋军阀的斗争却从来没有停止过，孙中山不断促成四川、湖南、福建等地的革命党人的团结与奋斗，同时集中精力驱逐桂系军阀，他联系唐继尧、刘显世和其他的反桂力量，敦促驻闽粤军回师广东，但是陈炯明犹豫不决，只是在桂军的三路进迫下才出师讨桂，由于群众的支持和其他反桂力量的配合，粤军进展顺利，1920年10月攻克了广州，桂系残部逃回了广西。

这年11月，孙中山又回到了广州，*了军政府，继续履行职务，继续护法，这次护法就是第二次护法。这次护法孙中山打算统一两广，出师北伐，统一国家，孙中山成立了北伐军3万人，并要求陈炯明抽调40个营参加，但是却遭到了陈炯明的反对，陈炯明热衷于“联省自治”，不愿北伐，孙中山不为所动，坚持北伐，1922年2月孙中山发布了动员令，开始北伐。

陈炯明却与直系军阀秘密勾结，背叛孙中山，公开干扰和破坏北伐，安排部下刺*了积极拥护孙中山北伐的粤军第一师师长邓铿，形势急剧恶化，孙中山被迫改变原来计划，决定率北伐军返粤，但是陈炯明突然调动部队，阻止北伐军回师。