甄嬛的孩子并非都跟皇帝所生。甄嬛一生怀过五个孩子，但真正活下来的只有女儿胧月公主，灵犀公主和儿子弘瞻阿哥。另有一个后来做了皇帝的弘历并非甄嬛亲生，而是雍正为了接回当时在宫外修行的甄嬛，过继给甄嬛膝下的。

甄嬛的第一个孩子，是与皇上的孩子，但是遭人陷害，孩子未能活着出生。甄嬛的第二个孩子，也是与皇上的孩子叫胧月，甄嬛生下胧月之后，与皇上有了隔阂，决心到感业寺中，胧月也被交给敬妃抚养。后来甄嬛回到宫中，见敬妃对胧月十分疼爱，胧月也非常依赖敬妃，便让敬妃一直抚养胧月，在当时可能也是甄嬛拉拢敬妃的一个手段。

甄嬛的第三胎是双生子，并非皇上的孩子，是在甘露寺与十七爷果郡王的坠入爱河后，和果郡王有的孩子。后来皇上误认为是自己的孩子，把甄嬛接回宫中，并将弘历交给甄嬛抚养，回宫后的甄嬛也成功生产，分别是灵犀公主和弘瞻阿哥也是甄嬛的第三、四个孩子。后来皇上疑心孩子的身世，也甄嬛与果郡王的关系，便处处为难果郡王，致果郡王惨死，果郡王到死也没能和两个孩子相认，甄嬛也随果郡王的去世而变得更加痛恨皇上。

甄嬛的第五个孩子，是皇上的孩子。此时的甄嬛和刚入宫时相比，心性已经有了很大的变化，经历了宫中的尔虞我诈，也对皇上心生恨意。就是这时她怀了身孕了，甄嬛也明白自己多年体虚，这个孩子不一定能顺利生下，便利用这个孩子，陷害皇后宜修，最后成功将宜修扳倒了。
甄嬛的养子弘历，后来成功登基当上了皇帝。弘历从小聪明伶俐，深得甄嬛的喜爱，甄嬛也悉心教导弘历，最终让弘历登上了皇帝的位子，为了不让弘历有过多的焦虑，甄嬛更是将自己的儿子弘瞻归到了果郡王一脉。