回收桶清洗不彻底是引起藻类污染的重要原因。清洗后桶的污染率至少在20 %, 严重的企业超过70%,而实际的用户投诉远远低于这一比率。可能的原因有: 一是桶装水在灌装后,大多还要注入臭氧, 从而进一步*灭残留的藻细胞;二是由于一般用户使用桶装水的期限较短, 藻类并未繁殖到肉眼可观察的浓度。
从污染的藻的种类上看, 虽然大多数是没有危害的绿球藻科的藻类, 但是还是有少量出现蓝藻的污染,而某些蓝藻对人们的身体健康是有危害的, 例如微囊藻可以产生能诱发肝癌的微囊藻毒素。

WHO的卫生标准和我国<生活饮用水水质卫生规范>中,对饮用水中微囊藻毒素的含量都已有了严格的规范。而且因污染的藻类在饮用水中大量繁殖, 引起水体变绿或产生绿色沉淀,直接影响饮用水的感官指标。同时, 由于藻类代谢产生的小分子有机物质也会产生多种不愉快的味道,从而影响口感。

对污染的藻的NR、APA活性的研究表明, 相对于对照藻种来说, 污染的藻对氮、磷的利用率更高,这可能是污染的藻能在桶装水这种营养元素相对缺乏的环境中滋生的原因之一。

因为二氧化氯可有效*灭桶装水污染藻类，所以很多桶装水厂开始使用二氧化氯清洗桶装水桶和瓶盖。个人用户的话，定期使用二氧化氯消毒剂清洗饮水机也是很好的预防措施。