在第三季中最大的赢家非林肯莫属，不但自己和儿子都没事，还成功挖了詹姆斯的墙角喜提小女友一枚。他隐约感觉到自己被公司的人盯上了，就在拉着全家离开时却被公司的*手堵了个正着。虽然将公司的特工*死，但巨大的枪声引来了附近巡逻的警察，最终也被当地警方抓捕。

另一边的迈克还在四处打听萨拉的下落，他一个电话打给了萨拉父亲生前的朋友白爷，可惜电话刚接通一群警察就将他团团围住。迈克被带到了一个审讯室，和他见面的是国土安全局的高级特工泰罗，而詹姆斯正是他派到公司的卧底。现在他已经被*害，所以希望迈克答应加入寻找锡拉的计划。

如今你的哥哥林肯已经被巴拿马警方逮捕，只要你答应，我们随时可以将他引渡回美国。见识到国土安全局的行动速度和实力，迈克开始心动了。但泰罗同时表示政府只有几个人知道这次行动，而我则是你们的直接联系人。你们得到锡拉之后，然后潜入戒备森严的公司总部将它破解。

正在迈克犹豫要不要加入时，有人斥巨资居然将兄弟俩保释了出去。原来此人正是萨拉父亲的朋友白爷。白爷将迈克带到一栋房子，推开门一看，站在对面的正是朝思暮想的萨拉。时隔多日，两人紧紧的拥抱在一起相拥而泣。这一晚他们整夜都腻在一起。

当看见萨拉背后被摧残的伤痕，迈克内心充满了心痛和自责。可突然一枚子弹射了进来，原来是公司的*手黑哥赶到了。迈克终于明白，除非弄垮公司，否则他们这群人永远都没有安宁之日。

第二天一大早，迈克就见到了曾经的越狱小伙伴，这些人都是他加入锡拉计划的要求。泰罗给迈克等人都准备了新的身份，为了更好的隐藏自己，在没有使用镇痛剂的情况下，迈克忍着剧痛将满身的纹身全部清洗掉。但他们并不知道，此时的他们已经卷入一场更大的阴谋之中。这是两人被困在荒无人烟沙漠的第三天，失败。T-bag一边撕下手上的书籍充饥，一边鼓励小胖不要放弃活下去的希望。但万万没想到，趁着T-bag休息时，小胖竟然一棍子朝他薅了过来。

原来，小胖想要吃掉T-bag充饥，可惜饿的晕头转向的他，只是被T-bag轻轻一推就撞死在了石头上。看着小胖的尸体，T-bag无比的痛心。然而就在此时，一股邪恶的念头同样闪现在他的心头，地上就多了一堆燃起的篝火。他拼尽全力将小胖的尸体拖向火堆。纵使以前*死过无数个人，但唯独这一次，让他第一次感觉到自己内心的丑恶。