1860年10月17日，八国联军司令部正式下令可入园自由劫掠，联军士兵大肆劫掠园中的珍宝和陈设物。根据英国官员事后估算，被掠走的文物珍宝（金银、宝石、绸缎和古玩陈设等）价值达600万英镑之多，因不识其价值或因搬运不便而被毁坏的珍本图书、佛塔、瓷器、家具等价值与此相仿。

1860年的圆明园图画

由于此前清廷谈判代表曾拘捕英国军使巴夏礼一行，并曾将其囚禁于圆明园中，英军在园中发现《泰晤士报》随军记者被肢解的尸体，英国谈判全权代表额尔金遂以“对外交人员实施虐待”为由，于10月18日下令放火烧园，以作为对清廷的惩罚。英军第一军团米启尔骑兵团一部于10月18日起在园中各处纵火，同时派出分队焚毁附近的静宜园、静明园、清漪园、畅春园等皇家园林。圆明园大火持续烧了三天三夜，300多名太监和宫女葬身火海。

法国作家维克多·雨果曾对此给予强烈谴责，称之为“两个强盗的胜利”。

圆明园平面图

圆明园被焚毁的原因，中国官方史学界的说法是英法联军为掩盖其野蛮劫掠而放火灭迹。事实上火烧圆明园是由法军发起的，火烧圆明园之后很久额尔金才知道八里桥之战前被清军逮捕的26名英军军使中13人已经死亡，奕䜣一直向额尔金证明26名英军军使全部健在。圆明园被焚后，尚有部分景点幸存。

据同治十二年（1873年）的内务府调查报告，园内幸存建筑有圆明园的廓然大公、紫碧山房、鱼跃鸢飞、耕云堂、慎修思永、知过堂、课农轩、顺木天、春雨轩、杏花春馆、文昌阁、魁星阁、蓬岛瑶台、万方安和十字亭、藏舟坞，长春园的林渊锦镜、海岳开襟，绮春园大宫门、庄严法界、正觉寺等建筑。残存建筑多已年久失修。

长春园西洋楼养雀笼遗址

同治十二年，慈禧太后和同治帝打算择要重修圆明园，计划修复圆明园前朝区、九洲区，以及福海以西以北的少数景点，并将绮春园择要修复，改名“万春园”，作为奉养两宫（慈安、慈禧）太后的居所。但该计划终因财力不足而在开工11个月后作罢。