在《沙丘2》电影最后，保罗迎娶公主登上王座，挚爱契尼却远走沙漠，之后保罗发动了对各大家族的战争。

不过《沙丘3》的剧情并不会着重描写保罗和各大家族的战争，而是讲述保罗统治帝国12年后，一场将他拉下神坛的阴谋！

在《沙丘2》中，保罗抗拒成为传说中的魁萨茨•哈德拉克，抗拒任由他预知中的未来发生，就是因为他知道在他登上王位后，宇宙间将会发生一场连保罗自己都无法控制的圣战。

而这场圣战直接导致了90颗行星被毁灭，610亿人丧生！

如今保罗已经统治了帝国12年，保罗已然成为了人们心中的神，但是保罗却越来越疲惫！

在保罗统治帝国之前，姐妹会控制着皇帝的决策，宇航工会掌控着金钱，这两大势力左右了帝国千百年。

保罗登上王座彻底打破了旧秩序，控制香料拿走了宇航工会的大部分股份也就控制了金钱，圣母海伦则被直接赶回了姐妹会的母星：寒冷的瓦拉赫九号行星。