而对于自己叔父摄政王”的称谓，多尔衮也不甚满意，直至强娶孝庄皇后，又把自己的称号变为“皇父摄政王”，年纪尚幼的顺治被迫有了“两个爹”。之后的多尔衮更是猖狂到，一切指令不奉皇帝旨意，一律称诏，多尔衮已经把自己当成皇帝了。

而此时，可怜巴巴的顺治面对这一切无能为力，“那时朕只是拱手做点祭祀的事，凡是国家大事。朕都不能参与，也没有人向朕汇报。”兄死嫂被占，自己的母亲被多尔衮欺凌，顺治心里对多尔衮的恨不是一点半点的。

顺治的半辈子（终年24岁）几乎都是被多尔衮的阴影笼罩的。一个少年天子面对自己亲人被*，母亲被辱却无能为力，这样的境遇一度使顺治内心充满愤慨，更想自己堂堂正正打败这个强大的敌人，但在多尔衮独揽大权七年之后，某天在关外狩猎时不幸摔伤，于十二月初九不治身亡。

消息传来，顺治皇帝一度激动到不能自已，但现在还不是清算的时候。顺治先是下旨，举国服丧，追尊他“懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝”，入太庙。但还未等多尔衮清净几天 ，其政敌便纷纷出来翻案，揭发他的大逆之罪，随着多尔衮多年培植的势力土崩瓦解，顺治开始对多尔衮下手了。

顺治帝亲政第二个月，皇帝遂下诏，以14项大罪为由，削去多尔衮官爵，籍没其家产入官，除多尔衮母子并妻罢追封撤庙享之外，对死去的多尔衮还采取了掘墓鞭尸这种古老的严厉惩罚。当时，有一外国传教士记述说：“他们把尸体挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众。他的雄伟壮丽的陵墓化为尘土”。与此同时，座落在明南宫的睿王府被废。其亲信多人先后被处死或被贬革。