《蓝色生死恋》讲述的是两个女孩被抱错，后来被发现从而各自展开了一段不一样人生的故事。

生育所内，同一天有两个女婴出生，但因为来看妈妈的小朋友尹俊熙的关系，令到两个小女婴的身份名牌调转了。从而令两个婴儿就开始了两种截然不同的生活。本是富有家庭的女儿去了一个单亲妈妈的家庭，而另一个出生在单亲家庭的婴儿却去了一个既富裕又充满幸福快乐的家庭，开开心心的成长，故事亦由这里揭开序幕！

十四年后，俊熙（宋承宪）长成了一个翩翩少年，妹妹恩熙（宋慧乔 饰）也十分聪明可爱，家境的优越使得两兄妹成为学校了令人艳羡的对象。与恩熙同班的芯爱（韩彩英 饰）因为父亲早逝，而哥哥却游手好闲，全家只有靠母亲一人独立支撑的餐厅过活，生活艰难。

恩熙被一辆货车撞倒，送到医院输血的时候才发现她和芯爱当年被抱错了。恩熙的妈妈不想放弃女儿，夫妻二人决定将错就错，可是芯爱却主动找上门来，她不想过贫苦的生活。

恩熙不想让亲生母亲伤心选择留下来，俊熙来看她，她告诉俊熙自己来生想做一棵树，那样就可以永远留在一个地方，也不用和家人分开，这让俊熙伤心不已。

时间流逝，俊熙和芯爱学成回来，回到以前的出生地，而恩熙则在一间酒店内当接线生，俊熙要订婚，所以想找寻这个一直令他牵肠挂肚的恩熙，但却失望而回。而俊熙的好友泰锡则和恩熙相识，他对恩熙有一种莫名的好感。

因为泰锡的关系恩熙失去工作，她的哥哥为了还债要把恩熙“卖给”一个老头，虽然泰锡“英雄救美”却还是伤害了恩熙。俊熙带着幼美来到那片海边，恩熙跟着过来，发现俊熙。她控制不住情绪跑上前来抱住了俊熙，兄妹二人相认了。

俊熙对外说恩熙是自己的表妹，泰锡却心烦意乱。恩熙被亲哥哥打伤，她不得不找俊熙帮忙，看着熟睡的恩熙，俊熙心疼的泪流满面。