农村自建房三层楼顶出现裂缝是否危险，需要具体情况具体分析。

如果裂缝仅在表面装饰材料上出现，且比较细小、密集，那么可能是房屋使用过程中自然产生的物理变形，不会对房屋的安全性产生影响。

但如果裂缝出现在建筑结构的关键部位，如柱子、梁、墙体等位置，或者裂缝比较大，且出现不规律，那么可能会影响建筑结构的稳定性，需要及时采取措施进行修缮。因此，如果发现农村自建房三层楼顶出现裂缝，建议及时寻求专业人士的意见并进行相应的处理，以确保居住的安全性。