软件安装时会在注册表、计划任务等地方留下记录，包括显示在程序列表里面的软件路径、软件设置、自动更新等等，直接删掉文件夹无法删掉这些。

软件的缓存数据一般也不在软件目录下。

有些注册过的公用动态链接库（dll）文件删除掉之后其他软件再调用就会出错。

一些软件（如*毒软件、输入法）不通过卸载程序会删不干净软件文件夹，显示权限不足。

一些软件带有驱动程序（如还原精灵、单片机开发软件），这些驱动文件放在system32或syswow64里，不在软件所在文件夹，例如冰点还原这样的软件直接删掉软件文件夹会导致开机无法使用鼠标键盘（因为它修改了系统的鼠标、键盘驱动）。但是！那些不带有以上行为的portable（有时叫绿色版）软件直接删掉文件夹跟运行卸载程序没什么区别。