东京决战一年后，失去记忆的鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。在鲁路修与弟弟罗洛的一次出行时，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。

恢复记忆的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜莉幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，化名ZERO带领黑色骑士团向帝国宣战。

现在的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜莉、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。