武器配备上，99A主战坦克主炮为一门50倍径的ZPT-98式125MM滑膛炮，长度相较于前一版本精度和炮口初速度提升了不少，可以发射的炮弹种类也更多。

主炮配备有稳定系统和新型的火控设备，炮内设计有抽烟装置，炮口设计有炮口觇视镜，这个设备也叫炮口基准反射镜，是火炮激光校正系统的一部分，通常装在炮口并和火炮防盾上的激光发射机共同工作。

其工作原理是在开炮前发出一个激光束，打在炮口的反射镜里，激光束被反射回炮塔上的激光接收机，然后通过测量反射激光束接收点的变化，自动解算出阳光照射、雨淋、射击产生的热量等因素造成的炮管弯曲度变化量，并讲这些参数输入火控计算机由火控计算机进行修正，从而确保精确射击，相当于自动实时较炮，无需人工较炮。

跟以往的坦克炮相比，这套系统能让99A主炮的精度获得巨大的提升，目前欧美国家所使用的RH 120系列滑膛炮已经将这个功能整合到炮长潜望镜里了，99A主战坦克通过这个设计能将火炮的精度达到欧美国家的顶尖水平。