直属事业单位合计114个，其中京区50个，京外64个。

中科院的办公厅在北京市，其共有12个分院，分别坐落于北京、沈阳、长春、上海、南京、武汉、广州、成都、昆明、西安、兰州和乌鲁木齐，各个分院分别承担不同的科研任务

北京地区直属事业单位：

1、数学与系统科学研究院

2、物理研究所

3、理论物理研究所

4、高能物理研究所

5、力学研究所

6、声学研究所

7、理化技术研究所

8、化学研究所

9、生态环境研究中心

10、过程工程研究所

11、地理科学与资源研究所

12、国家天文台

（云南天文台 南京天文光学技术研究所 新疆天文台）

14、长春人造卫星观测站

15、遥感与数字地球研究所

16、地质与地球物理研究所

17、兰州油气资源研究中心

18、古脊椎动物与古人类研究所

19、大气物理研究所

20、植物研究所

21、动物研究所

22、心理研究所

23、微生物研究所

24、生物物理研究所

25、遗传与发育生物学研究所

26、农业资源研究中心

27、计算技术研究所

28、软件研究所

29、半导体研究所

30、微电子研究所

31、电子学研究所

32、自动化研究所

33、电工研究所

34、工程热物理研究所

35、空间科学与应用研究中心

36、自然科学史研究所

37、科技政策与管理科学研究所

38、光电研究院

39、北京基因组研究所

40、青藏高原研究所

41、国家纳米科学中心

42、山西煤炭化学研究所

43、北京生命科学研究院

44、天津工业生物技术研究所

45、空间应用工程与技术中心

46、信息工程研究所

47、数据与通信保护研究教育中心 北京综合研究中心

北京以外直属事业单位：

1、大连化学物理研究所

2、金属研究所（沈阳）

3、沈阳应用生态研究所

4、沈阳自动化研究所

5、海洋研究所（青岛）

6、青岛生物能源与过程研究所

7、烟台海岸带研究所

8、长春光学精密机械与物理研究所 9、长春应用化学研究所

10、东北地理与农业生态研究所 （长春）

11、农业技术中心（哈尔滨）

12、上海微系统与信息技术研究所

13、上海技术物理研究所

14、上海光学精密机械研究所

15、上海硅酸盐研究所

16、上海有机化学研究所

17、上海应用物理研究所

18、上海天文台

19、上海生命科学研究院

20、上海巴斯德研究所

21、上海药物研究所

22、上海高等研究院

23、福建物质结构研究所

24、宁波材料技术与工程研究所

25、城市环境研究所（厦门）

26、南京地质古生物研究所

64、南京土壤研究所

27、南京地理与湖泊研究所

28、紫金山天文台（南京）

29、苏州纳米技术与纳米仿生研究所

30、苏州生物医学工程技术研究所 31、合肥物质科学研究院

32、武汉岩土力学研究所

33、武汉物理与数学研究所

34、武汉病毒研究所

35、测量与地球物理研究所（武汉）

36、水生生物研究所（武汉）

37、武汉植物园

38、南海海洋研究所（广州）

39、华南植物园（广州）

40、广州能源研究所

41、广州地球化学研究所

42、长沙矿产资源勘查中心

43、广州生物医药与健康研究院

44、亚热带农业生态研究所（长沙）

45、深圳先进技术研究院

46、成都生物研究所

47、成都山地灾害与环境研究所

48、光电技术研究所（成都）

49、重庆绿色智能技术研究院

50、昆明动物研究所

51、昆明植物研究所

52、西双版纳热带植物园（昆明）

53、地球化学研究所（贵阳）

54、西安光学精密机械研究所

55、国家授时中心（西安）

56、地球环境研究所（西安）

57、近代物理研究所（兰州）

58、兰州化学物理研究所

59、寒区旱区环境与工程研究所（兰州）

60、青海盐湖研究所（兰州）

61、西北高原生物研究所（兰州）

62、新疆理化技术研究所[1]

63、新疆生态与地理研究所