文艺复兴时期医学中心或科学中心在意大利。到17世纪以后，新商路开通，荷兰与英国崛起。荷兰和英国的商业贸易海外探险等一系列的活动，推动了新阶级的形成。当时世俗的王权想对抗教会的控制，需要寻找新的力量来支持自己与教权分庭抗礼，于是就有了重商主义，强调知识在社会发展中的重要性。在知识领域，哲学和科学有了区分。在此之前，遵循的是博物学的传统，认为哲学是囊括整个自然知识体系的。神学是解释天启的知识，哲学是解释自然的知识，包括人和社会、人和自然。

到17世纪以后，培根、笛卡儿等思想家将哲学和科学区分开来，将观察或经验事实与思辨推理区分开来。培根提出了很多很重要的思想，包括“知识就是力量”，还有观察的方法。他强调 “获得真正的知识一是需要不带成见，二是需要正确的方法论。一切科学知识都必须从不带偏见的观察开始”。按照现代科学知识社会学的观点，所有的观察都不可能不带着成见或预设。但在当时，培根等人所提出的是观察不要受到以前的宗教、哲学观点的束缚，要尽量接近事实的本来面目。这种做法在当时来讲，还是很重要的。

与培根齐名的是笛大儿，笛卡儿对医学，或者说对生物医学的影响非常之大。他的机械论的解释模型——二元论或精神与躯体分离的思想可以说是近代西方医学的基石。在人体研究， 生命研究中，这是非常重要的。当时对疼痛、病患的治疗手段是有限的，要依赖于各种各样的宗教仪式。肉体的痛䒷和精神上的痛苦总是联系在一起的，人的躯体疼痛和观念的想象是不 可分的。但精神活动尚弄不清楚，于是笛卡儿提出暂且不考虑这些，只考虑弄得清楚的事，不清楚的交给神学，由宗教来解释它，科学只研究身体的变化。现在我们批判西方医学不重视精神、心理的疾病，其实是指这个时期，精神的问题由宗教来负责。心身分离的观点在 1950 年代以后已经有了改变。现代医学也重视研究心理、精神因素的躯体影响，如现在有“心理神经免疫”，研究包括神经、内分泌、心理的变化对人体免疫功能的影响。

西方医学这种方法可能显得很笨，即搞不清楚的时候，先放一边，不会编一套理论来自圆其说。这种自圆其说可能对解释当下的困境、问题有一定的帮助，但对于深刻的认识事物、 把握事物的本原及其规律却是有一定妨碍的。西方医学希望把每一个细节弄清楚以后，在此基础上再来综合，作总体上的考量。这是培根和笛卡儿等人所倡导的还原论的策略。

比如头疼， 就做X光、CT、MRI，做完以后来看到底是哪个部位有什么毛病，逐渐地分成最基本的单元来理解。这种还原论，到目前为止还是现代西方医学最基本的研究策略。比如肝脏有病，看肝脏细胞有没有问题，再看分子结构有没有问题，不断剥洋葱皮。在这样的研究策略的指导下，就有了实验科学的兴起。实验是给子生命现象以一种人为的干预，不仅仅只是观察，观察时我们不干预它， 实验是给予干预，再看这种干预会引起什么样的影响。

伽利略（天文学、经典力学）、波义耳（化学从炼金术到实 验科学）、牛顿（力学体系）都是我们耳熟能详的科学家。他们主要是为实验科学的兴起奠定了一个基础，同时也奠定了现代生物医学的基础。我们在考虑伟大思想家个人的作用后，还要考虑到当时科学活动的团体－科学社团的作用。这主要是因为当时的大学还受到宗教势力的控制，不管是在教学课程设置还是内容上。大学中思想比较活跃或激进的老师就开始游离出大学，组成自己的社团。后来又受到了世俗权力的支持，有的是皇帝、国王，有的是 权贵，受其赞助建立起科学社团。

这些团体有：

随着世俗势力的逐渐强大、宗教势力的逐渐衰弱，科学社团的发展比较迅速，在欧洲的主要国家都出现了科学社团。在科学社团里，人们可以交流思想、争论不同观点。科学社团很重要的功能就是在一起进行各种各样的实验，很多医生也到药剂师的实验室做实验。当时的医生指内科医生，外科医生是不入流的，内科医生领导外科医生和药剂师。内科医生也开始放下架子，到药剂师实验室里做实验，这在当时成为一个时尚。科学研究受到7 世俗权力的支持，法国国王路易十四很支持科学研究，亲自到巴黎科学院视察，希望能使科学为他的王权服务。